Perbedaan mendasar dalam penafsiran Al-Quran antara Ahmadiyah dan Islam arus utama menciptakan dinamika teologis yang signifikan. Ahmadiyah, dengan keyakinannya akan nabi terakhir setelah Muhammad, yaitu Mirza Ghulam Ahmad, menafsirkan beberapa ayat Al-Quran dengan konteks tambahan dari wahyu yang mereka klaim diterima. Di sisi lain, Islam arus utama, yang menegaskan bahwa Muhammad adalah nabi terakhir dan tidak ada nabi setelahnya, memandang Ahmadiyah sebagai kelompok yang menyalahi keyakinan pokok Islam. Perbedaan ini menciptakan perpecahan teologis dan sering kali menyebabkan ketidakakuan mayoritas umat Islam terhadap interpretasi Ahmadiyah terhadap Al-Quran.
Hal inilah yang berdampak pada munculnya SKB 3 Menteri yang dimaksud adalah Surat Keputusan Bersama Menteri Agama, Jaksa Agung, dan Menteri Dalam Negeri Nomor 3 Tahun 2008 tentang Peringatan dan Perintah Kepada Penganut, Anggota, dan/atau Anggota Pengurus Jemaat Ahmadiyah Indonesia (JAI) dan Warga Masyarakat. Keputusan ini dasarnya untuk meredam tindak persekusi dari masyarakat atau ormas-ormas Islam kepada jamaah ahmadiyah. Beberapa pihak terutama Lembaga Swadaya Masyarakat menyayangkan peraturan SKB yang dikeluarkan oleh pemerintah, mereka menganggap pemerintah telah melakukan diskriminasi dan pelarangan hak asasi seseorang untuk beragama, beribadah, dan memiliki keyakinan.
Pada faktanya pemerintah tidak melakukan diskriminasi pada jemaah ahmadiyah karena isi dari peraturan tersebut tidak tertuju hanya kepada kelompok ahmadiyah saja. Peraturan tersebut melarang untuk mencari dukungan massa dan menjalankan kegiatan agama atau interpretasi kepercayaan yang memiliki perbedaan pokok dengan ajaran agama yang telah ada.
Namun sayangnya, kurangnya pemahaman masyarakat terhadap keputusan yang dikeluarkan oleh pemerintah berbuntut panjang hingga terjadi banyak penyegelan pada kegiatan ibadah jamaah ahmadiyah. Menurut saya pemerintah seharusnya bisa menangani tindak kekerasan atau persekusi yang terjadi pada kelompok jamaah ahmadiyah dengan cara memberikan pemahaman kepada masyarakat terkait SKB yang telah dikeluarkan agar tidak terjadi kesalahpahaman di dalam masyarakat.
