Gus Dur menganggap pengangkatan Lukman Edy sebagai menteri dalam reshuffle Kabinet Indonesia Bersatu tidak mewakili PKB. Dikutip dari NU Online, saat itu Yenny Wahid mengatakan penunjukan Lukman Edy merupakan keputusan sepihak Muhaimin, tidak melalui rapat di internal PKB.
Gus Dur kemudian memecat Lukman Edy dan mengangkat Yenny Wahid untuk menjabat Sekjen PKB. Duet Muhaimin - Yenny Wahid mestinya menyudahi konflik di tubuh PKB. Namun, ternyata dugaan itu keliru.
Pada 26 Maret 2008, Dewan Syuro menggelar rapat gabungan untuk mengevaluasi kinerja Muhaimin. Hasilnya, melalui mekanisme voting, Muhaimin disuruh mundur dari posisi Ketua Umum PKB. Jika tidak mau mundur, Cak Imin akan dipecat.
Namun, alasan Cak Imin harus mundur tidak pernah diketahui secara pasti. Dalam beberapa kesempatan, Gus Dur menolak memberi penjelasan, dan hanya menyebut sebagai masalah internal PKB.
Menanggapi keputusan itu, Cak Imin menolak dengan alasan dirinya terpilih melalui forum muktamar sehingga pemberhentiannya juga harus melalui muktamar. Karena tidak diberi kesempatan untuk membela diri, Cak Imin kemudian menggugat keputusan Dewan Syuro ke Pengadilan Negeri Jakarta.
Gugatan itu dikabulkan majelis hakim. Pencopotan Muhaimin dianggap menyalahi AD/ART PKB. Kubu Gus Dur tidak terima dan mengajukan kasasi. Dalam prosesnya kelak, pada 17 Juli 2008, Mahkamah Agung menolak kasasi kubu Gus Dur.
Selain kasasi, Gus Dur juga menggelar Muktamar Luar Biasa di Ponpes Al-Asshriyyah, Parung, Bogor pada 30 April-1 Mei 2008. Hasilnya, Gus Dur tetap menjabat sebagai ketua Dewan Syuro, Yenny Wahid tetap sekretaris jenderal Dewan Tamfidz, sementara jabatan ketua umum PKB dimandatkan kepada Ali Masykur Musa.
Tidak mau kalah, kubu Muhaimin pun menggelar MLB pada 2-4 Mei 2008 di Hotel Mercure Ancol, Jakarta. MLB versi Ancol mengukuhkan Muhaimin sebagai ketua umum PKB, Lukman Edy sebagai sekjen, dan ketua umum Dewan Syuro dipercayakan kepada KH Aziz Mansyur.
Selesai menggelar MLB, kedua kubu mendaftarkan kepengurusan baru ke Kementerian Hukum dan HAM. Hasilnya, kepengurusan PKB kubu Muhaimin yang diterima sesuai SK Menteri No: M.HH-70-AH.11.01 Tahun 2008 yang terbit tanggal 5 September 2008.Â
Keputusan Menkumham sempat digugat kubu Gus Dur ke PTUN, namun ditolak sehingga secara hukum PKB di bawah kepemimpinan Cak Imin memiliki legalitas yang sah dan kuat.Â
Namun demikian, kubu Yenny Wahid tetap tidak mau menerima. Puncaknya terjadi drama pengambilan nomor urut peserta Pemilu 2009 di kantor KPU. Pada akhirnya, KPU hanya menerima berkas pendaftaran calon anggota legislatif yang diajukan kubu Muhaimin.
