Pada masa penjajah baik pada masa Portugis hingga Belanda, para penjajah tersebut memperkenalkan sistem pendidikan yang berbeda dari yang sebelumnya. Terutama pada masa kolonial Belanda yang mencolok yaitu tingkatan dan jenis pendidikannya yang hingga sekarang diadopsi sebagai lembaga-lembaga pendidikan di Indonesia.
Pada masa pendudukan Jepang, meskipun pendidikan pada masa tersebut lebih berorientasi kepada perang pasifik, akan tetapi dualisme dalam pendidikan dihapuskan. Pada masa kolonial Belanda sebelumnya dikenal dualisme dalam pendidikan yang artiannya menekankan perbedaan yang tajam anatara pendidikan Belanda dan pendidikan Pribumi. Meskipun pendidikan pada masa pendudukan Jepang sangat memprihatinkan, akan tetapi Bahasa Indonesia telah ditetapkan sebagai bahasa resmi dalam pendidikan tersebut.
Selain tingkatan dan jenis pendidikan yang diadopsi baik secara kultural dan akibat dari penjajahan, terdapat pula keberadaan Departemen Agama. Dimana keberadaannya dapat dilihat sebagai kelanjutan dan perubahan dari kontruksi kolonial tentang urusan keagamaan yang diletakkan dalam konteks negara.
Ditinjau dari sejarah pendidikan di Indonesia dari masa klasik hingga masa penjajahan, maka Indonesia memiliki beragam lembaga pendidikan baik secara kultural dan hasil adopsi pada masa penjajahan. Sehingga Indonesia memiliki kekhasan tersendiri dengan kuatnya lembaga pendidikan keagamaan. Sehingga di Indonesia terdapat dua buah mainstream sistem pendidikan, yaitu sistem pendidikan umum yang dipayungi oleh Departemen Pendidikan Nasional dan sistem pendidikan keagamaan yang dipayungi oleh Departemen Agama. Keduanya sama-sama mengelola dan memayungi mulai dari tingkatan dasar sampai dengan perguruan tinggi.
Sumber:
Agung, Leo & T. Suparman. 2012. Sejarah Pendidikan. Yogyakarta: Penerbit Ombak.
Anonim. 2013. Pesantren. Diakses pada 7 April 2013 darihttp://id.wikipedia.org/wiki/Pesantren.
Rifa’i, Muhammad. 2011. Sejarah Pendidikan Nasional dari Masa Klasik hingga Modern. Yogyakarta: Ar-Ruzz Media.
Subhan, Arief. 2012.Lembaga Pendidikan Islam Indonesia Abad ke-20, Pergumulan Antara Modernisasi dan Identitas. Jakarta: Kencana Prenada Media Droup.