Jajak pendapat yang difasilitasi oleh PBB ini akhirnya memutuskan sebanyak 75% rakyat timor-timur memilih untuk merdeka mendirikan negara sendiri.
Menurut beberapa sumber di internet, BJ Habibi saat itu mendapatkan tekanan dari pemerintah Australia. Khususnya Perdana menteri Australia, "mau tidak mau Timor-timur harus merdeka dengan batas waktu lima tahun". Katanya.
Karena saat itu Indonesia juga pada massa reformasi. Suatu masa pemulihan ekonomi dan keamanan secara nasional. Maka tanpa berpikir panjang beliau berani mengambil keputusan untuk menyetujui jaja pendapat untuk masa depan timor-timur. Kini provinsi ke-27 itu menjadi negara Timor leste.
Pada tahun 1999, beliau memberikan pertanggungjawaban dihadapan MPR. Namun pertanggungjawaban itu ditolak oleh MPR karena lepasnya Timor-timur dari wilayah Negara Kesatuan Republik Indonesia.
 Beliau sebenarnya ingin mencalonkan Presiden lagi, namun diujung-ujung pemungutan suara beliau mengundurkan diri. Presiden RI ke-4 yang terpilih waktu itu adalah Abdurrahman wahid.
Setelah itu beliau ke Jerman untuk bekerja disana. Beberapa proyek pesawat komersial masih belum terwujud. Kini, mimpi BJ Habibi akan segera terwujud.Â
Proyek pembuatan pesawat komersial anaknya telah di setujui pemerintah. Yakni pesawat R-80 dengan mesin baling-baling. Daya tampung antara 85-90 penumpang. Industri pesawat terbang tersebut yakni IPTN yang berubah menjadi PT Dirgantara Indonesia.
Pertimbangan tidak memilih mesin jet walaupun lebih cepat yakni mesin baling-baling lebih hemat bahan bakar. Harga masin baling-baling juga lebih mahal di banding mesin jet.Â
Tahun 2020 rencananya uji kelayakan dan sertifikasi keamanan dalam penerbangan akan dilakukan. Tahun 2025 nanti, rencananya pesawat sudah bisa beroperasi. Beberapa maskapai penerbangan tanah air sudah ada yang memesan.
Pada tanggal 2010, BJ Habibi merasakan kesedihan ditinggal wafat istrinya Ainun. Beliau begitu merasa kehilangan. Untuk menghilangkan kesedihannya, menurut saran dokter beliah dianjurkan menulis buku kisahnya dengan Ainun.Â
Akhirnya buku itu bisa terbit dan difilmkan. Hasil keuntungan penjualan buku digunakan untuk membantu yayasan yang menangani para penderita penyakit.
