Di Karesidenan Banyumas kantor agama dikepalai oleh K. H. Abudardiri. Pada tanggal 24 -28 November 1945 dilaksanakan sidang Komite Nasional Indonesia Pusat di Jakarta. K. H. Abudardiri bersama 2 rekannya hadir dalam sidang tsb mewakili Karesidenan Banyumas.
Pada sidang tanggal 26 November yang berlangsung di Fakultas Kedokteran Salemba, Jakarta Pusat, utusan KNI Banyumas mengusulkan agar dalam negara RI dibentuk kementerian agama yang secara khusus akan menggarap hal-hal yang berhubungan dengan agama.
Berdasarkan usul itu, yang disetujui oleh Bung Karno dan Bung Hatta, maka pada tanggal 3 Januari 1946 diumumkan oleh pemerintah berdirinya Kementerian Agama dengan Menteri Agama yang pertama adalah K. H. Mohammad Rasjidi. Legalitas tanggal berdirinya Kementerian Agama 3 Januari 1946 diwujudkan dalam Penetapan Menteri Agama No. 6 Tahun 1956 tentang Hari Didirikannya Kementerian Agama RI, yang ditandatangani oleh Menteri Agama ad Interim Moh. Sardjan tanggal 1 Maret 1956.
Fakta historis tentang berdirinya Kementerian Agama itu cukup penting maknanya baik bagi pejabat negara, pimpinan organisasi maupun masyarakat umum agar semua pihak bisa ikut memberi kontribusi pemikiran bagi pengembangan peran Kementerian Agama dalam menanggapi dinamika zaman menuju masa depan yang lebih baik.Memang harus dicatat bahwa selain fakta historis seputar berdirinya Kementerian Agama ada angle lain yang berbicara tentang hal tersebut. B. J. Boland misalnya dalam "The Struggle of Islam in Indonesia" menyatakan bahwa adanya kementerian agama adalah sebagai kompensasi karena dasar negara Indonesia tidak berdasarkan agama.
Pemikiran akademik dari seorang selevel Boland tentang berdirinya Kementerian Agama bisa saja kita pahami sebagai pengayaan dari fakta historis yang kita miliki. Hal yang penting bagi kita sekarang bukan pada fakta historis itu atau tesis Boland tapi pada apakah Kementerian Agama telah benar-benar menjalankan perannya sebagai kementerian/tangan pemerintah yang melayani seluruh agama di Indonesia. Apakah Kementerian Agama telah menjadi milik semua umat beragama dan memberi ruang bagi seluruh umat beragama untuk berkiprah di kementerian itu.
Memang tentu saja dalam perjalanan waktu ada catatan-catatan kritis tentang peran yang dikakukan oleh kementerian agama, tentang para "oknum" di kementerian yang memperkaya diri dengan cara melawan hukum. Ada sinisme kuat tentang "contradictio in terminis": kementerian agama yang oknum-oknumnya telah melakukan penodaan agama melalui berbagai perbuatan mereka. Pernah ada suara keras untuk meniadakan kementerian agama, pernah ada upaya merevitalisasi kementerian agama dari pendekatan kebahasaan, misalnya mengubah nama "kementerian agama" menjadi "kementerian keagamaan". Dan kita tahu bahwa suara dan gagasan itu akhirnya tenggelam ditelan kegaduhan karena dalam konteks pembicaraan berkaitan dengan agama kita nyaris lebih mengedepankan "perasaan"ketimbang "rasionalitas". Apalagi jika skema berfikir mayoritas-mimoritas dikedepankan ya selesailah segalanya
Kementerian Agama sudah 76 tahun menjadi bagian dari sebuah NKRI yang majemuk. Nilai-nilai kemajemukan sudah semestinya terus mengalir dari kementerian ini menginspirasi lembah, ngarai, dan semua sudut-sudut Indonesia yang berpanorama indah ini. Kementerian Agama justru harus lebih kuat bersuara agar UUD Negara RI 1945 dan Pancasila ini sudah final dan definitif, sehingga pemikiran untuk menjadikan agama sebagai dasar negara tidak lagi relevan karena telah selesai per 18 Agustus 1945.
Di masa depan Kementerian Agama harus mampu menjadi ruang dialog bagi agama-agama di Indonesia, berpikir "out of the box", keluar dari skema mayoritas-minoritas dan memandang semua warga bangsa sebagai umat yang mesti dilayani dengan sebaik-baiknya. Kasus-kasus yang berkaitan dengan kesulitan pembangunan rumah ibadah,gangguan pelaksanaan ibadah, pelarangan ibadah Natal yang nyaris terulang setiap tahun harus ditangani dengan lebih berhikmat, jangan sampai masalah teknis perizinan menghambat dan meniadakan ibadah umat kepada Khaliknya. Realitas ini, jika terjadi, menjadi sesuatu yang ironis dan tragis dalam konteks Indonesia yang warganya berTuhan dan taat beragama. Ungkapan Hans Kung, "Tak ada perdamaian dunia tanpa perdamaian antar agama." menjadi inspirasi kuat bagi Kementerian Agama untuk menjalankan perannya di masa depan.
Agama harus menjadi sumber inspirasi,sumber moral dan dasar bagi perwujudan kehidupan yang kebih baik. Agama tidak boleh sekadar status yang terpampang dalam KTP atau biodata. Agama harus fungsional dan membumi dipraktkkan dalam dunia nyata. Cohen, profesor filsafat dari Amerika (1880-1947), menegaskan jika agama tidak dapat mengendalikan kejahatan, maka agama tidak dapat menganggap diri sebagai kekuatan efektif untuk kebaikan.
Penguatan internal organisasi Kementerian Agama harus juga mendapat perhatian yang lebih serius dengan mengacu kepada ketentuan perundangundangan yang ada.
Kasus pencopotan secara serentak/bareng terhadap 6 orang pejabat tinggi Kementerian Agama termasuk 4 orang Dirjen keagamaan baru pertama kali terjadi menyisakan berbagai pertanyaan yang takcukup dan takelok jika alasannya "demi penyegaran". Pencopotan yang alasannya kurang jelas dan menyangkut hidup manusia takurung menghadirkan multitafsir dan lukahati yang takperlu.
