Banyak yang mengatakan bahwa Quran itu tidak sistematis, dari satu bab meloncat ke bab lain atau dari tema ke tema lain. Seperti yang dikatakan oleh orang-orang yang memusuhi Islam terutama dari para Orientalis seperti Andre Rippin, Abraham Geiger, dll, bahkan dari umat Islam sendiri. Benar sekali apa yang dinyatakan oleh orang-orang tersebut, tapi perlu diketahui bahwa Quran demikian karena Quran ingin menggambarkan kehidupan dan kondisi sosial manusia. Kalau sekarang banyak orang yang mengklaim bahwa Quran itu tidak sistematis, itu mungkin benar tapi mungkin juga salah, karena yang menjadi ukuran sistematis adalah metodologi penulisan yang sekarang ini, tidak menutup kemungkinan ada perbedaan metode penulisan dimasa yang akan datang apalagi dimasa lalu, Quran berasal dari Tuhan, dan kita tidak bisa memaksa ataupun mengintervensi Tuhan
Disadari ataupun tidak, kita sendiri atau mungkin kebanyakan dari kita tidak mengetahui tentang diri kita sendiri, kadang kala kita senang, tiba-tiba kita sedih, kita sering juga jengkel, lalu seketika kita cuek, dan masih banyak sekali perasaan dalam diri kita yang kita sendiri tidak memahaminya. Seperti halnya Quran apabila kita membacanya dan memahami maknanya, setelah Quran bicara umat terdahulu tiba-tiba bicara tentang adzab, kadang Quran mambahas tentang surga dan neraka, lalu kemudian Quran mengarah pada bintang dan tata surya, itu sebuah gambaran tentang kehidupan kita. Memang, jika kita membaca Quran kita akan menemukan banyak sekali kejanggalan dari segi susunannya, jika boleh dikatakan bahwa Quran itu kitab yang paling membingungkan apabila kita membacanya tidak dengan iman
Quran itu cuma ada satu, yaitu bahasa arab, kita ke eropa, afrika, atau timur tengah Qurannya tetap bahasa Arab. Dan dari dulu isi kandungan Quran juga sama, mulai dari zaman Nabi sampai saat ini orang mencuri pasti ada, orang serakah, dan orang kejam juga ada tapi dengan peristiwa yang berbeda, karena Quran bicara tentang pokok atau substansi itu sendiri. Tapi, penafsiran dari para ulama dari masa ke masa yang berbeda, sesuai dengan kondisi masyarakat dan zaman, penafsiran itupun sebatas kemampuan akal pikiran manusia yang tidak mungkin bisa menjangkau apa yang sebenar-benarnya dikehendaki oleh Tuhan
Mengenai penafsiran, tidak semua orang bisa menafsirkan Quran, karena mereka akan menafsirkan sesuai dengan apa yang mereka inginkan bukan apa yang sebenarnya dikehendaki Tuhan. Ada 15 cabang ilmu yang harus dimiliki oleh orang yang akan menafsirkan Quran, seperti pernyataan Imam Suyuti dalam kitabnya al-Itqan, dan dari lima belas cabang ilmu itu Imam Suyuti meletakkan mauhibah atau ilmu yang tidak bisa diusahakan dengan belajar di perguruan tinggi manapun, yakni ilmu pemberian dari Yang Maha Kuasa, atau sering disebut ilmu ladunni. Ilmu seperti ini bisa didapat dengan cara mendekatkan diri pada Sang Pencipta, kepada Yang mewahyukan Quran itu sendiri
Kita mungkin cukup dengan makna terjemahan Quran itu, tapi masih banyak dari saudara kita yang ingin mendalami Quran itu dari berbagai aspek, dan untuk menuju harapan tersebut kita dituntut untuk memahami bahasa Quran tersebut yakni bahasa Arab, karena Quran turun dengan memakai bahasa Arab (Q.S: Yusuf: 2), tapi tidak cukup hanya dengan belajar bahasa Arab, kita juga harus memenuhi syarat-syarat yang telah disebutkan di atas. Jika kita membaca kitab-kitab karangan para mufassir, tidak mengherankan apabila kita akan menemukan perbedaan dari kitab-kitab atau buku-buku tafsiritu, mulai dari gaya bahasa, bentuk tulisan, bahkan kita juga akan menemukan perbedaan penafsiran dari satu ayat saja, karena kondisi dan zaman yang menuntut para mufasir untuk menjelaskan Quran sesuai dengan masyarakat yang dihadapi
Ada tafsir yang menonjol dari segi hukum atau fiqh, ada yang berlatar belakang sosial dan ekonomi, dan sekarang lebih banyak yang membahas dari segi sains dan teknologi yang dicocok-cocokan dengan apa yang terdapat pada Quran. Dengan begitu sebenarnya kita juga tahu bahwa yang terdapat di dalam Quran tidak hanya berhubungan dengan ibadah atau amaliyah agama saja, tapi juga berbicara tentang sosial, sejarah, dan juga ilmu pengetahuan, karena Quran sebagai petunjuk dan rahmat bagi seluruh alam
Tidak ada kitab atau buku di manapun yang berani menyatakan bahwa tidak ada kesalahan atau mungkin bahkan tidak ada keraguan di dalamnya, kecuali hanya al-Quran yang pada pembukaannya menyatakan diri dengan kata laa raiba fih, tidak ada keraguan sedikitpun padanya
Kita sering juga menjumpai dan mengetahui bahwa suatu generasi akan mengkritisi generasi sebelumnya, walaupun generasi sebelumnya sudah benar, dan itu juga yang terjadi pada Quran. Banyak kalangan yang mengkritik Quran dan mengklaim dengan sebutan produk budaya, tapi itu semua tidak terbukti karena Quran itu tidak lekang oleh zaman, dan Quran itu berasal dari Tuhan semesta alam
