Kelas pagi berakhir pukul 12.15 dilanjutkan shalat dzuhur berjamaah di asrama diawali pembacaan Syi'ir Abu Nawas yang menjadi rutinitas santri sebelum shalat 5 waktu, setelah itu kembali muraja'ah kosa kata yang sudah diberikan oleh mudabbir bahasa di pagi hari, makan siang dan masuk lagi di kelas sore pada pukul 13.15 hingga pukul 14.45, kelas sore ini dipandu oleh kakak tingkat akhir sebagai bentuk persiapan kemampuan dan kepercayaan diri mereka sebelum menjadi ustadz dan terjun mengajar langsung di masyarakat.
Kelas sore berakhir menjelang adzan berkumandang dilanjutkan shalat ashar berjamaah di asrama, aktifitas sore seperti olahraga, cuci pakaian, dan lain sebagainya, dan persiapan berjamaah maghrib di masjid jami' pada pukul 16.45, menunggu adzan dilantunkan mu'adzin santri membaca Al Qur'an sesuai urutan bacanya masing masing, sebagian santri terlihat menghafal dan mengulang ulang ayat Al Qur'an sebagai amunisi tambahan untuk identitas santri yang melekat pada diri mereka.Â
Shalat maghrib berakhir pukul 18.00, santri berbondong bondong menuruni anak tangga masjid guna kembali ke asrama untuk melanjutkan pembacaan Al Qur'an yang dilanjutkan dengan mahkamah al lughoh wal amni (pengadilan alias sidang bagi pelanggar peraturan baik pelanggaran dari segi bahasa maupun ketertiban di wilayah rayon tempat mereka tinggal beserta sangsinya), menuju dapur untuk antri makan malam, dan shalat Isya' bersama di asrama.Â
Pukul 20.00 masuk ke belajar malam atau dikenal dengan istilah muwajjah di kelas masing masing, santri belajar mandiri dengan teman sebayanya di kelas, mengadaptasi salah satu konsep pendidikan everyone is teacher konsep ini dirasa mampu untuk merangsang gairah belajar santri untuk dapat menguasai materi secara komprehensif dan bertanggung jawab, setelah selesai belajar santri kembali ke asrama masing masing untuk berdoa bersama di teras asrama menjelang tidur panjang sekitar 5 jam.
Dalam setiap pergantian aktifitas di Gontor ditandai dengan dengung jaros atau lonceng yang dipukul oleh bagian kurikulum dan keamanan, lonceng ini semacam alarm bagi santri untuk menandai berawal atau berakhirnya aktifitas untuk melanjutkan aktifitas berikutnya.
 Seluruh aktifitas padat ini merupakan rancangan strategi pondok agar santri terbiasa bergerak dengan dinamis diiringi etos kerja dan produktifitas yang tinggi. Â
Hasan Bashri seorang tokoh ulama sufi pernah berkata "wahai Bani Adam, sesungguhnya kalian semua hanyalah "kumpulan hari-hari", maka jika hari telah berlalu berarti telah berlalu sebagian darimu"
Aktifitas padat dan beragam tentu saja membutuhkan istirahat yang cukup untuk mengendurkan otot dan relaksasi otak, hal ini sudah difikirkan oleh Kyai dan pimpinan pondok lain dengan mengatur waktu untuk memfasilitasi istirahat cukup bagi santri. Istirahat para santri bukanlah tidur-tiduran, leyeh-leyeh, apalagi sibuk membicarakan orang lain.
 "Arroohatu fii Tabaaduli Al-a'maal" kata pak Kyai, istirahatnya santri merupakan sebuah pergantian dari satu pekerjaan ke pekerjaan yang lain; Istirahatnya santri dari kelas pagi adalah masuk ke kelas sore, istirahatnya santri dari kelas sore adalah olahraga sore, istirahatnya santri dari olahraga sore adalah shalat berjamaah dan membaca qur'an di masjid, istirahatnya santri setelah shalat maghrib dan mengaji di masjid adalah belajar mandiri di kelas malam.Â
 Aktifitas harian santri yang dibuka dengan tahajjud untuk membuka pintu audiensi dan rahmat Tuhan kemudian doa bersama sebagai penutup aktifitas sebelum tidur di depan asrama untuk memulihkan kembali stamina untuk menghadapi aktifitas esok paginya.
Selain pengembangan akademik, wadah aktualisasi santri untuk kegiatan non akademik berupa pengembangan bakat dan minat untuk pengembangan kualitas diri santri sangat difasilitasi. Berbagai firqoh atau klub santri dibentuk mulai dari olahraga seperti sepakbola, futsal, silat, senam lantai, bulutangkis, takraw, basket, dan lain lain.Â
