Restrukturisasi Garuda Indonesia kemudian dilanjutkan oleh Abdul Gani sebagai Direktur Utama pada tahun 1999 dan pada tahun 2003 proses restrukturisasi selesai dan Garuda Indonesia keluar dari keterpurukan yang sebelumnya merugi hingga Rp. 4,73 triliun serta modal yang negatif Rp. 324 juta.
Restrukturisasi kedua berupa restrukturisasi hutang kepada European Export Credit Agency (ECA) sebesar US$ 277 juta yang berakhir pada kesepakatan pembayaran hutang hingga tahun 2016, Total hutang sebelumnya sebesar Rp. 868 juta yang sebelumnya digunakan untuk pembelian enam unit pesawat Airbus A-330 300.
Dari kedua restrukturisasi tersebut proses penyelesaian pembayaran hutang Garuda Indonesia dapat di selesaikan secara bertahap hingga tahun 2016 sehingga selama periode tersebut Garuda Indonesia pun masih dalam tahap pelunasan hutang kepada kreditur.
Restrukturisasi kembali dilakukan pada tahun 2022 akibat terpuruknya semua maskapai didunia akibat Pandemi termasuk Garuda Indonesia hanya saja kondisi Garuda Indonesia sudah tidak baik sebelum Pandemi sehingga datangnya Pandemi justru memperburuk keterpurukan sebelumnya.
Dilansir dari Kompas.tv tanggal 2 Nopember 2021, pembelian beberapa tipe pesawat untuk Garuda Indonesia menyebabkan kerugian hingga puluhan juta dollar Amerika diantaranya pesawat Bombardier CRJ-1000 yang operasional nya membuat Garuda Indonesia merugi hingga USD 30 juta per tahun serta ditambah dengan biaya sewa sebesar USD 27 juta per tahun untuk 12 unit pesawat Bombardier CRJ-1000 tersebut.
Garuda Indonesia membeli pesawat Bombardier CRJ-1000 NextGen pada tahun 2013 yang berarti sejak tahun tersebut Garuda Indonesia harus menanggung kerugian tersebut, tepatnya selama 7 tahun hinggga tahun 2020.
Dilansir dari Bombardier.com, proses pembelian  pesawat ini berawal dari penandatangan pihak Garuda Indonesia dan Bombardier yang diumumkan pada 12 Februari 2012 saat Singapore Airshow.
Jika dilihat dari semua kejadian tersebut, proses pengadaan dan pembelian pesawat sepertinya menjadi biang keroknya baik berupa korupsi, mark up maupun pemelihan tipe pesawat yang tidak sesuai dengan kebutuhan maskapai disamping dari banyak hal baik internal maupun eksternal yang mungkin tidak tampak dimata publik.
Tipe pesawat yang tidak memenuhi kebutuhan maskapai contohnya pesawat yang melayani jalur penerbangan dengan melihat tingkat keterisian (load factor) yang cukup untuk menyumbangkan keuntungan serta analisis permintaan dan penawaran, bila merugi berarti ada yang keliru dalam memutuskan pengadaan pesawat -- jika dibiarkan selama pesawat masih dioperasikan maka selama itu pula maskapai menimbun kerugian bukannya keuntungan, terlebih bila biaya pemeliharaan pesawat tersebut juga tinggi.
Pesawat Bombardier CRJ-1000 Nextgen pada dasarnya merupakan pesawat regional atau umum disebut dengan pesawat commuter yang bisa dijadikan feeder pada bandara hub, entah mengapa Garuda Indonesia dahulu memutuskan mengadakan tipe pesawat ini.
Pengadaan Boeing B-777 300 dengan harga sewa diatas harga umum serta pembatalan pemesanan Boeing B-737 Max adalah beberapa contoh lainnya.
