Bercerita tentang seorang putri bernama Raya yang merupakan anak dari seorang raja yang tinggal di sebuah negara yang bernama Kumandra. Kemudian setalah 500 tahun berlalu Kumandra terpecah menjadi 5 wilayah. Wilayah tersebut yaitu Fang (taring), Heart (hati), Spine (tulang), Tail (ekor), Talon (cakar). Wilayah-wilayah tersebut dinamakan sesuai dengan bagian-bagian yang ada pada tubuh Naga.
Film dimulai dengan seorang pengembara yang bernarasi menceritakan secara garis besar apa yang terjadi pada Kumandra 500 tahun lalu. Ketika Kumandra masih menjadi negeri yang makmur dan damai dengan para Naga yang hidup berdampingan bersama para manusia. Tetapi kemudian kedamaian tersebut hancur ketika monster yang mereka namakan The Druun menyerang. The Druun adalah monster yang menyerang manusia dan mengubahnya menjadi batu atau patung. The Druun muncul seperti wabah dan lahir dari ketidakpercayaan atau perpecahan manusia.
Para Naga yang melihat hal itu melawan para Druun namun sayangnya Para Naga pun ikut berubah menjadi patung atau batu sama seperti para manusia. Kemudian terdapat Naga Terakhir yaitu sebagai Sisudatu yang mengumpulkan kekuatan terakhirnya untuk mengalahkan para Druun tersebut. Sisadatu mampu mengubah para manusia yang telah menjadi batu kembali menjadi manusia. Tetapi hal tersebut tidak berpengaruh kepada Para Naga yang tetap menjadi batu.Â
Kemudian Ayah Raya atau ketua dari Kumandra berinisiatif untuk mengadakan pertemuan yang membahas tentang masalah Druun ini, namun disinilah awal kehancuran terjadi. Dalam pertemuan tersebut Raya bertemu dengan anak dari ketua suku Fang (taring) yang bernama Princess Namaari. Mereka bercerita tentang ketertariknya terhadap cerita-cerita Para Naga hingga Raya mengajak Namaari pergi ketempat penyimpanan Kristal Permata. Namun pada akhirnya Princess Namaari menyerang Raya dan merebut Kristal Permata itu.
Melihat hal itu suku-suku lain pun ikut berdatangan hingga terjadi keributan yang memperebutkan Kristal Pertama sampai Kristal Permata tersebut terpecah menjadi 5 bagian yang kemudian menjadi penyebab kembalinya para Druun yang mengubah para manusia menjadi batu kembali tidak terkecuali ayah Raya. Melihat ayahnya menjadi batu, Raya kemudian mencari naga terkahir dengan mendatangi setiap sungai yang ada, karena dia teringat cerita yang diceritakan oleh Namaari jika setelah melawan para Drun, Sisudatu atau Naga terakhir tersebut kelelahan dan beristirahat disalah satu sungai di Kumandra. Sungai terakhir yang didatangi oleh Raya berada di wilayah Tail (ekor). Dan ternyata Sisudatu berada disungai terakhir tersebut.
Setelah ditemukannya sang Naga terakhir, dimulailah petualangan Raya dan sang Naga terakhir mencari pecahan dari kristal permata Sisu. Raya dan Sisu mendapatkan pecahan pertama kristal pertama di wilayah Tail (ekor) yang membuat Raya bertemu kembali dengan Namaari. Selanjutnya mereka berkelana ke wilayah Talon (cakar). Di wilayah Talon Raya bertemu dengan seorang pencuri yang ternyata masih bayi dan ditemani dengan 3 ekor monyet. Setelah itu mereka melanjutkan perjalanan mereka ke wilayah Spine (tulang) bersama dengan bayi dan ketiga monyetnya.Â
Lalu mereka pun melanjutkan perjalanan menuju ke tujuan terakhir potongan terakhir kristal permata berada yakni wilayah Fang (taring) atau tempat asal Princess Namaari. Di wilayah ini terjadi banyak sekali masalah yaitu kebimbangan antara Namari dengan ibunya, kemudian ketidakpercayaan Raya pada Namari tentang Kristal Permata yang telah utuh. Namun dengan perkataan Sisu bahwa mereka harus saling percaya agar bisa mengalahkan para Druun. Raya pun mengambil mempercayai Namari.
Pada awalnya Namaari ingin melarikan diri sendiri. Tetapi, dia Kembali dan mulai menyusun pecahan-pecahan kristal permata tersebut. Kemudian dia ikut bergabung bersama Raya dan yang lainnya yang telah berubah menjadi batu. Awalnya kristal permata tersebut tidak bekerja, tetapi tidak lama muncul percikan cahaya yang kemudian semakin terang. Cahaya dari kristal permata tersebut tersebar keseluruh kumandra dan mengembalikan manusia yang berubah menjadi batu. Tak hanya manusia saja, tetapi para Naga pun Kembali berubah seperti sedia kala dan kemudian para naga membangkitkan Sisu Kembali. Diakhir film seluruh warga dari berbagai wilayah datang ke wilayah heart untuk membangun Kembali Kumandra bersama seperti Kumandra 500 tahun yang lalu dan Raya bertemu Kembali dengan Ayahnya.
