Pembayaran pajak yang dilakukan oleh perusahaan-perusahaan di Yogyakarta saat ini memang telah mengalami peningkatan. Mulai dari perusahaan perseorangan hingga perusahaan berbadan hukum yang sudah besar. Pembayaran pajak yang dibayarkan langsung ke KPP Pratama Yogyakarta yang beralamat di Jl. Senopati mulai ramai pada pertengahan bulan. Namun tidak seidkit pula perusahaan terutama perusahaan kecil yang belum mengetahui prosedur pembayaran pajak.
Seperti yang telah dialami suatu perusahaan kecil berbentuk CV yang mengalami pergantian kepengurusan di tengah kota Yogyakarta (daerah Juminahan), pada tahun 2008 mendapat masalah dengan pajak bulanan. Pada setiap bulan bagi perusahaan yang melakukan sewa gedung, wajib memotong PPH 10% dari pihak atau tempat yang disewa. Sedangkan pihak yang menyewakan gedung wajib memotong PPN 10%. Kewajiban pemotongan PPH belum banyak diketahui oleh masyarakat. Hingga akhirnya CV tersebut wajib membayarkan PPH 10% dari pembayaran sewa selama 1 tahun yang seharusnya menjadi tanggungan pihak penyewa. Namun, karena ketidaktahuan CV tersebut pihak penyewa tidak mau membayarkan PPH tersebut karena telah berlalu selama 1 tahun.
Selain itu, setiap wajib pajak harus melakukan laporan bulanan pada setiap bulannya ke KPP Pratama Yogyakarta. Namun pelaksanaannya banyak perusahaan yang mengalami keterlambatan mengenai laporan ini. Sehingga pihak pajak memberikan denda Rp100.000,- kepada wajib pajak yang mengalami keterlambatan dalam pembayarannya untuk satu kali keterlambatan. Perusahaan-perusahaan yang mengalami permasalahan dengan pajak, akan dipanggil untuk membicarakan permasalahan pajak yang dialami. Dan pada akhirnya dicari penyelesaian mengenai permasalahan tersebut.