Pada SMAM 3 Batu memiliki beberapa ciri khas tersendiri yang berbeda dengan lembaga pendidikan lainnya,
Mahasiswa melaksanakan pembelajaran dengan menggunakan model Pembelajaran Berbasis Masalah (PBL)
Kegiatan peningkatan kreativitas peserta didik dengan mengadakan kolaborasi antara mata pelajaran satu dengan yang lainnya.
Mahasiswa Universitas Muhammadiyah Malang (UMM) Prodi Pendidikan Agama Islam (PAI) Kelompok 15 menjalin hubungan dengan SMA Muhammadiyah 3 Batu
