Majelis Ulama Indonesia (MUI) pernah meneliti bahwa pondok pesantren Al Zaytun berhubungan dengan Negara Islam Indonesia (NII) dengan tokohnya Pan
Negara Islam Indonesia telah diproklamirkan oleh As-Syahid Sekarmadji Maridjan Kartosoewirjo pada tanggal 7 Agustus 1949 oleh S.M. Kartosuworjo klo an