Indonesian Corruption Watch menyatakan otonomi daerah memicu lahirnya praktik korupsi di daerah. Menurut catatan ICW, terhitung sejak tahun 2004 hingga 2018 terapat 104 Kepala Daerah yang terandung kasus korupsi dengan lokus paling banyak di Jawa Timur. Pola korupsi yang terjadi di setiap daerah berbeda, di daerah yang kaya sumber daya alam, korupsi banyak terkait dengan belanja daerah untuk pengadaan barang dan jasa. Menurut pemaparan peneliti ICW, Donal Faris mengatakan  korupsi di daerah lahir saat kewenangan digeser (dari pusat ke daerah), kemudian juga dana yang cukup banyak. Persoalan semakin memanas ketika calon kepala daerah menghabiskan uang pada saat pemilihan, sementara pendapatannya sebagai kepala daerah tidak berbanding lurus dengan biaya yang dikeluarkan sewaktu pemilihan kepala daerah. Hal itu juga menjadi faktor pemicu banyak korupsi di lingkungan kepala daerah. Dan juga masih lemahnya kualitas dan kapasitas dalam pengelolaan keuangan daerah.
 Sedangkan berdasarkan catatan dari KPK, terhitung sejak tahun 2004 hingga 2019 terdapat 124 Kepala Daerah yang terjerat korupsi. Rata-rata dari para kepala daerah terjerat kasus penyalahgunaan wewenang, baik dalam pengelolaan anggaran dan aset daerah ataupun penyalahgunaan terkait perizinan, namun banyak pula kepala daerah yang terjerat kasus penyuapan. Para kepala daerah yang memiliki kewenangan begitu besar memang lebih berpotensi terjerat kasus hukum karena penyalahgunaan wewenang. Bahkan, berdasarkan data dari KPK, tidak sedikit kepala daerah yang terjerat lebih dari satu kasus. Contoh riil-nya yakni kasus yang menjerat mantan walikota Malang (Mochammad Anton) yakni kasus dugaan suap pembahasan PBD-P Pemerintah Kota Malang tahun 2015, yang lebih memperihatinkan lagi Anton ditetapkan tersangka bersama dengan belasan anggota DPRD Kota Malang, atas kasus tersebut Anton divonis 2 tahun penjara oleh Pengadilan Tipikor Surabaya.
Kemudian kasus yang menjerat mantan Bupati Tulungagung Syahri Mulyo terkait korupsi proyek infrastruktur pengingkatan jalan di Dinas PUPR Tulungagung, pada saat OTT KPK menemukan uang sebesar 2,8 Milyar. Namun meski sudah ditahan, Syahri Mulyo tetap memenangi Pilkada 2018.
Upaya mewujudkan Good Governance agar Indonesia terbebas dari Korupsi
Beberapa kasus tersebut menunjukkan tidak mencerminkan adanya keinginan pemerintah untuk merealisasikan Good Governance and Clean Government. Pemerintah yang bersih (clean government) adalah pemerintah yang aparatnya tidak melakukan praktik KKN (kolusi, korupsi, dan nepotisme). Pemerintah yang bisa bertindak objektif, netral, dan tidak diskriminatif, dalam artian tidak mendahulukan diri sendiri, kerabat, dan orang-orang yang memiliki uang, kuasa, dan previlege. Pemerintah yang bersih diisi oleh aparat yang jujur, yang bekerja sesuai dengan tugas yang diamanahkan, tidak menerima suap dan tidak membuat kebijakan yang memudahkan aparat dan masyarakat untuk melakukan suap dan korupsi. Tata pemerintahan yang baik (good governance) memiliki makna tata pemerintahan yang baik, pengelolaan pemerintahan yang baik, penyelenggaraan pemerintahan yang baik, dan administrasi negara yang baik. Good governance menerapkan prinsip transparansi, partisipasi, dan akuntabilitas sebagai landasan awal bagi terwujudnya tata pemerintahan, dunia usaha swasta, dan masyarakat.
Â
Good governance telah lama dikampanyekan di Indonesia. Sejak lahirnya era reformasi tahun 1998 kampanye tersebut semakin gencar dilakukan, kampanye ini tidak dapat dilepaskan dari makin buruknya kinerja birokrasi dan maraknya korupsi akibat pemerintah tidak profesional, bikrokrasi memiliki banyak struktur namun minim fungsi, tidak netral dan tidak transparan. Masalah-masalah tersebut menjadi kendala serius bagi birokrasi yang seharusnya semakin progresif dalam merespons dinamika masyarakat. Dari tahun sejak dicanangkannya reformasi hingga saat ini perjuangan untuk merealisasikan pemberantasan KKN belum menunjukkan hasil yang maksimal, gerakan reformasi hanyalah menjadi wacana yang sulit diwujudkan apabila perilaku aparat pemerintah justru menjadi penghambat dalam upaya pemberantasan korupsi. Pencanangan reformasi bersih dari korupsipun belum terlalu terlihat hasilnya karena hingga saat ini Indonesia masih menduduki peringkat atas negara-negara  yang paling korup di dunia. Penyakit korupsi tidak hanya menjangkiti pemerintah pusat saja namun sudah merambah ke daerah, semenjak diberlakukannya otonomi daerah, tidak hanya tugas dan fungsi pemerintah saja namun korupsi juga ikut 'terdesentralisasi' ke daerah.
Dalam praktik otonomi di Indonesia, disamping banyak dampak positif bagi daerah dan masyarakat, juga menimbulkan dampak negatif yang tentu saja merugikan masyarakat di daerah. Penelitian yang dilakukan oleh tim CPPS Surabaya yang bekerja sama dengan Partnership for Government Reform terhadap implementasi UU No. 22 Tahun 1999 dan UU No. 25 Tahun 1999 menemukan gejala menemukan beberapa gejala negatif tersebut salah satunya seperti maraknya praktik KKN dan Politik uang. Yang ternyata praktik KKN dan penyalahgunaan jabatan tidak hanya terjadi pada kalangan eksekutif daerah tapi juga merambah ke kalangan legislatif. Kewenangan yang dimiliki DPRD memilih sekaligus memberhentikan kepala daerah justru dilihat sebagai lahan basah untuk melakukan praktek politik uang.
Prinsip good governance secara umum dapat disimpulkan bahwa terdapat empat unsur atau prinsip utama yang dapat memberi gambaran yang berciri kepemerintahan yang baik yakni sebagai berikut:
Akuntabilitas : adanya kewajiban bagi aparatur pemerintah untuk bertindak selaku penanggung jawab dan penanggung gugat atas segala tindakan dan kebijakan yang ditetapkannya.
Transparansi : kepemerintahan yang baik akan bersifat transparan terhadap rakyatnya, baik ditingkat pusat maupun daerah.
Keterbukaan : menghendaki terbukanya kesempatan bagi rakyat untuk mengajukan tanggapan dan kritik terhadap pemerintah yang dinilainya tidak transparan.
Aturan Hukum : kepemerintahan yang baik mempunyai karakteristik berupa jaminan kepastian hukum dan rasa keadilan masyarakat terhadap setiap kebijakan publik.
Dalam konteks peningkatan kerja tata pemerintahan yang baik dalam penyelenggaraan pemerintah daerah, mengutip pernyataan dari Agus Dwiyanto dkk, mengusulkan point penting, antara lain: pertama, pengembangan governance bodies dapat menjadi salah satu cara strategis untuk meningkatkan kinerja tata pemerintahan melalui perbaikan keterlibatan pemangku kepentingan dalam proses kebijakan dan peningkatan transparasi; kedua, reformasi sistem kepegawaian dan birokrasi publik merupakan pilihan yang tidak terhindarkan dalam membangun birokrasi pemerintah yang profesional, non-partisan dan peduli pada kepentingan publik; ketiga pengembangan budaya anti-korupsi. Hal ini perlu dikembangkan karena tindakan korupsi dari sisi demand adalah masalah nilai, akhlak dan moralitas. Korupsi tidak  dilihat hanya semata-mata bentuk pelanggaran hukum atau penyalahgunaan kekuasaan dalam birokrasi pemerintah; dan keempat, mengembangkan pemerintahan berbasis kepercayaan publik, dalam hal ini pemerintah perlu memperkuat jati dirinya sebagai lembaga pelayanan dan bukan sebagai lembaga kekuasaan.
Penerapan sistem desentralisasi dalam sistem pemerintahan daerah di Indonesia berdampak pada keharusan suatu daerah untuk membentuk otonomi seluas-luasnya, dan dapat mengatur sendiri kebutuhan rumah tangga daerah tersebut. meskipun dalam praktiknya otonomi daerah menjadi pilihan terbaik bagi kesejahteraan hidup masyarakat, namun disisi lain kelonggaran kewenangan tersebut menyebabkan pengawasan kepada daerah menjadi lebih longgar, terutama dalam hal hubungan keuangan pusat kepada daerah. Karena segala kepentingan daerah diatur sendiri oleh kepala daerah, hal ini berpotensi menjadi pemicu lahirnya praktik-praktik korupsi yang dilakukan kepada kepala daerah. Untuk itu, konsepsi good governance dalam pelaksanaan pemerintahan di Indonesia harus diwujudkan, supaya tujuan dan niat mulia dari masyarakat Indonesia tidak hanya sekedar menjadi wacana. Untuk itu Indonesia dituntut untuk dapat membentuk hubungan baik antara pemerintah dengan masyarakat secara nyata terlibat dalam berbagai upaya kolaborasi segala bidang, seperti dalam penyusunan peraturan perundang-undangan, pengendalian pembangunan dan pelayanan publik, serta dalam pemilihan umum Kepala Daerah, masyarakat berhak untuk mengetahui tentang visi-misi nya. Proses demokrasi seperti ini tidak hanya menuntut kemampuan pemerintah dalam pelayanan publik, tetapi secara fundamental menuntut terealisasinya pemerintahan yang baik (good governance) yang bersih dan bebas dari Korupsi, Kolusi dan Nepotisme (clean government).
