c. Ketidaknyamanan Guru dengan Metode Baru
Beberapa guru lebih nyaman dengan metode tradisional di mana mereka berperan sebagai pemberi informasi. PjBL menuntut guru menjadi fasilitator, yang memerlukan penyesuaian signifikan.
d. Kebutuhan Banyak Peralatan
Proyek PjBL sering memerlukan peralatan khusus yang bisa menjadi tantangan logistik dan finansial, terutama di sekolah dengan sumber daya terbatas.
e.Kesulitan bagi Peserta Didik yang Kurang Terampil
Siswa yang kurang terampil dalam percobaan dan pengumpulan informasi mungkin mengalami kesulitan dan tertinggal dibandingkan dengan teman-teman mereka yang lebih terampil.
f. Pemahaman Topik yang Terbatas
Ketika setiap kelompok diberikan topik berbeda, siswa mungkin hanya memahami topik yang mereka kerjakan, tetapi kurang memahami topik yang dikerjakan kelompok lain.
Meskipun Pembelajaran Berbasis Proyek (PjBL) memiliki sejumlah kekurangan, hal ini dapat diatasi melalui beberapa langkah berikut:
1. Membantu Peserta Didik Menghadapi Tantangan
   Guru perlu memberikan bimbingan dan dukungan yang cukup kepada peserta didik saat mereka menghadapi kesulitan dalam proyek. Ini dapat dilakukan melalui diskusi kelompok, konsultasi individu, dan penyediaan sumber daya yang relevan.