Setelah kejadian pahit itu terjadi akhirnya Syajaratuddur menjadi sultan. Sayangnya kaum Muslimin bayak yang tidak setuju jika mereka harus dipimpin oleh wanita akhirnya Syajaratuddur dinikahi oleh Aybak yang kemudian berdirilah Dinasti Mamalik pada tahun 1250 M (Didin Saefuddin Buchori, 2009)
Sistem pemerintahan yang diaplikasikan pada masa Mamalik berbeda dengan dinasti-dinasti sebelumnya yaitu menerapkan monarki, Mamalik mengaplikasikan sistem pemerintahan oligarki. Sultan yang terpilih menjadi sultan yaitu dipilih melalui militer yang menonjol dan berprestasi tentunya.Â
Pada masa Mamalik pemerintahan dibagi menjadi dua bagian dan masing-masing memiliki fungsinya masing-masing yaitu sultan dan khalifah. Khalifah konsentrasi mengurus urusan agama sedangkan sultan konsentrasi mengurus urusan keduniaan.
 Setiap negara pasti memiliki badan eksekutif namun tidak semuanya dijalankan oleh elite militer. Secara umum badan eksekutif dinasti Mamalik dijalankan oleh empat lembaga yaitu diwan al-jaisy, diwan al-insya, diwan al-abbas, dan diwan an-nazar.Â
Empat lembaga tersebut memiliki fungsinya masing-masing Menurut Didin Saefuddin Buchori, 2009 diwan al-jaisy adalah lembaga negara yang mengurusi masalah penataan dan administrasi militer.Â
Diwan al-insya adalah lembaga sekretariat negara yang mengurusi administrasi surat-menyurat. Diwan al-abbas adalah lembaga yang menangani masalah perwakafan di kedua wilayah, Mesir dan Syiria.Â
Kini, lembaga ini dapat disertakan dengan departemen keuangan dan perwakafan. Sedangkan diwan an-nazar, adalah lembaga yang mengurusi pendapatan dan belanja negara, seperti departemen keuangan masa kini.
Mamalik memiliki tiga sultan terkenal yaitu Qutuz, Baybars, dan Qalawun. Dari ketiga sultan terkenal dinasti Mamalik kedua diantaranya yaitu Qutuz dan Baybars berhasil menorehkan tinta emas catatan sejarah yaitu berhasil menghancurkan invasi Mongol sehingga penyerbu asing ini gagal menguasai Mesir kejadian ini terjadi pada tahun 1260 M.Â
Berkat keberhasilan Qutuz dan Baybars yang menggagalkan invasi Mongol di Mesir tidak hanya Syiria saja yang merasa diuntungkan. Mesir secara keseluruhan juga merasa diuntungkan karena jika misi Mongol berhasil maka penjarahan akan terjadi di tanah peradaban tertua di dunia ini.
Namun tak lama Baybars berhasil menggulingkan Qutuz dari kekuasaannya yang kemudian digantikan oleh dirinya. Saat kesultanan dipegang oleh Baybars ia berhasil membangun kesultanan yang kuat.Â
Sebagaimana dipaparkan di atas bahwa jabatan penting tidak semuanya dikontrol dan dipegang oleh sultan tetapi oleh elite militer yang berprestasi.Â