Sebagai salah satu SMP swasta Katolik di kota Cilacap, Jawa Tengah, SMP Maria Immaculata memiliki tingkat toleransi yang cukup tinggi. Terbukti dengan tersedianya pelajaran Pendidikan Agama Islam dan Budi Pekerti dari kelas VII sampai dengan kelas IX. Kurang lebih sekitar 88 siswa yang beragama Islam terdaftar sebagai siswa aktif yang mengenyam pendidikan di SMP Maria Immaculata Cilacap.
Hampir disetiap kelas pun tampak beberapa siswi memakai kerudung (hijab). Yang menandakan keharmonisan yang terjalin di sekolah ini. Setiap siswa memiliki hak yang sama tanpa membedakan latar belakang, ras apalagi agama.
Kegiatan keagamaan pun rutin dilakukan bagi para siswa-siswinya. Setiap istirahat kedua, sekitar pukul 11.50 siswa-siswi beragama Katolik dan Kristen akan berdoa dan membaca Kitab Suci. Lalu siswa-siswi yang beragama Islam pun ada salat duhur berjamaah. Dan setiap Jumat bagi siswa beragama Islam akan mengikuti salat Jumat di mushola terdekat Sekolah didampingi guru agama Islam.
Tidak hanya itu, setiap tahunnya SMP Maria Immaculata Cilacap juga mengadakan bagi-bagi takjil dan acara buka puasa bersama. Kegiatan ini diikuti dengan antusias oleh para siswa.
Kegiatan buka puasa baru-baru ini dilaksanakan pada Kamis, 13 Maret 2025. Siswa-siswi tampak bersemangat dan anstusias.
Diawali dengan baca ayat Al-Qur'an Surat Al Baqarah ayat 183-187, tausiyah motivasi Ramadhan, salat maghrib berjamaah dan makan bersama.
