Berdasarkan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 85/PMK.03/2012yang mulai berlaku per 1 Juli 2012, dinyatakan bahwa BUMN sekarang juga memiliki kewajiban untuk melakukan pemungutan PPN dan PPnBM seperti halnya badan pemerintahan lainnya semisal kementerian maupun lembaga independen seperti KPK. Namun jika perusahaan anda bertransaksi dengan BUMN, tidak semua transaksi PPN (dan PPnBM) nya wajib dipungut oleh pihak BUMN. Dalam pasal 5 peraturan tersebut dinyatakan bahwa BUMN tidak berkewajiban memungut PPN (dan PPnBM) untuk transaksi-transaksi sebagai berikut:
a.Transaksi yang nilai pembayarannyakurang dari sama dengan Rp 10.000.000 ( sudah termasuk PPN dan/atau PPnBM).
b.Transaksi penyerahan PPN dan/atau PPnBM yang mendapatkan fasilitas tidak dipungut atau dibebaskan.
c.Pembayaran atas penyerahan bahan bakar minyak dan bahan bakar bukan minyak oleh PT Pertamina (Persero)
d.Pembayaran rekening telepon.
e.Pembayaran atas jasa angkutan udara yang diserahkan oleh perusahaan penerbangan
f.Dan transaksi penyerahan yang memang tidak terhutang PPN.
Jika nilai transaksi kurang dari sama dengan Rp 10.000.000 bukan berarti transaksi tersebut tidak terhutang PPN namun pihak rekananlah yang berkewajiban memungut PPN seperti mekanisme pengkreditan PK-PM pada umumnya.
Sepertinya peraturan ini dibuat untuk mempertegas klausul terkait pemungutan PPN oleh pihak bendaharawan pemerintah seperti diatur dalam Keputusan Menteri Keuangan No. 563/KMK.03/2003. Dalam peraturan tersebut disebutkan bahwa yang dimaksud dengan Bendaharawan pemerintah adalah pejabat yang dananya berasal dari APBN/APBD. Mengingat operasionalisasi BUMN tidak sepenuhnya disokong oleh APBN/APBD maka tentu hal ini menjadi bias, apakah BUMN berkewajiban melakukan pemungutan PPN atau tidak namun dengan terbitnya Peraturan Menteri Keuangan No 85/PMK.03/2012, hal ini menjadi lebih jelas. Namun yang kembali pertanyaan adalah apakah BUMN juga berkewajiban melakukan pemungutan atas PPh Pasal 22 jikaPeraturan Menteri Keuangan No 85/PMK.03/2012 sudah mulai diberlakukan.