Jenazah Gusti Bendoro Pangeran Haryo (GBPH) Joyokusumo akhirnya dimakamkan di pemakaman raja-raja Mataram di Kotagede, Yogyakarta di kompleks Hastorenggo, Rabu 1 Januari 2014. Sebelumnya, adik Raja Keraton Yogyakarta Sultan Hamengku Buwono X itu dikabarkan akan dimakamkan di pemakaman raja-raja Mataram di Imogiri, Bantul, akan tetapi sudah tidak tersedia tempat lagi di Imogiri sehingga dipindah ke Kotagedhe.
“ Di Imogiri sudah penuh, Jadi pemakamannya di Kotagede di dekat makam bu Ratu Anom, “ tutur kakak almarhum, Kanjeng Gusti Pangeran Haryo (KGPH) Hadiwinoto saat ditemui di rumah duka di Ndalem Joyokusuman, Yogyakarta.
Gusti Bendoro Pangeran Haryo Joyokusumo tutup usia pada hari Selasa 31 Desember 2013 sekitar pukul 16.40 di Rumah Sakit Medistra, Jakarta di usianya yang ke – 58 tahun. “ Jenazah Joyokusumo diberangkatkan dari Bandara Halim Perdanakusuma Jakarta sekitar pukul 06.00 WIB dan tiba di Bandara Adisutjipto Yogyakarta sekitar pukul 07.00 WIB. Jenazah langsung dibawa ke rumah duka untuk disemayamkan, “ begitu keterangan dari Kanjeng Gusti Pangeran Haryo Hadiwinoto di Yogyakarta seperti dilansir Antara, Rabu (1/1). Gusti Joyo yang meninggalkan 3 anak, 2 putri dan 1 putra pernah menjabat sebagai Ketua DPD Golkar DIY dan juga anggota DPR. Selain itu ia juga sempat menjabat sebagai Ketua Persaudaraan Djamaah Haji Indonesia (PDHI) Daerah Istimewa Yogyakarta (DIY), dan Ketua Panitia Tetap Mujahadah dan Semaan Al Quran Purbojati DIY. Gusti Joyo telah menjalani perawatan sekitar 2 pekan lalu atau sekitar 15 hari. Ia mengalami penyakit komplikasi sebelum masuk rumah sakit. Hadiwinoto menambahkan, Joyokusumo sempat koma sejak tiga hari lalu. Kondisinya sempat membaik, meskipun belum sadar. Namun pada 31 Desember kondisinya kembali memburuk dan meninggal masih dalam kondisi tidak sadar
Joyokusumo adalah anak bungsu dari empat bersaudara yang berasal dari keturunan Sultan HB IX dengan istri kedua Kanjeng Ratu Ayu Windyaningrum. Dari keseluruhan anak HB IX yang berjumlah 22 orang, Joyokusumo adalah anak yang ke-10. Joyokusumo menderita penyakit diabetes sejak 4 - 5 tahun yang lalu. Selain itu, Joyokusumo juga menderita penyakit jantung dan gagal ginjal.Hadiwinoto, kakak almarhum mengatakan, “ Kami kan pabrik gula. Bapak (HB IX), ibu, juga Ngarso Dalem sebelum-sebelumnya kan punya sakit gula, “ .
Setelah disemayamkan di rumah duka, jenazah Pangeran Haryo Joyokusumo selanjutnya dimakamkan di Pemakaman Hastorenggo Kotagede Yogyakarta pada sekitar pukul 14.00 WIB. Hastorenggo itu tempat pemakaman Kanjeng Gusti Pangeran Adipati Aryo (KGPAA) I, II, III, IV. Sebelum dimakamkan, jenazah disalatkan terlebih dahulu di Masjid Rotowijayan sekitar pukul 13.00 WIB. Setelah disalatkan, jenazah kemudian diberangkatkan menuju Pemakaman Hastorenggo sekitar pukul 13.30 WIB.
. Puluhan karangan bunga ucapan duka cita atas meningggalnya GBPH Joyokusumo terlihat di sepanjang Jalan Rotowijayan. Karangan bunga ucapan duka cita itu berasal dari lembaga, instansi, partai politik, perguruan tinggi, serta relasi almarhum.Di rumah duka Ndalem Joyokusuman, para petakziah berdatangan untuk menyampaikan bela sungkawa kepada keluarga almarhum, tampak di antaranya Kapolda DIY Brigjen Pol Haka Astana dan Komandan Lanud Adisutjipto Marsma TNI Agus Munandar
Karena sudah tidak ada tempat lagi di Imogiri, Kepala Dinas Kebudayaan GPBH Yudoningrat sebelumya pernah mengatakan kompleks pemakaman Imogiri akan diperlebar dengan menggunakan dana keistimewaan 2014. Jika hal itu benar terlaksana, maka kemungkinan Jenazah nantinya akan dipindahkan ke sana.