Penuntutan Perkara dilakukan oleh Jaksa Penuntut umum, dalam rangka pelaksanaan tugas penuntutan yang diembannya. Penuntut Umum adalah Jaksa yang diberi wewenang oleh undang-undang ini untuk melakukan penuntutan dan melaksanakan penempatan hakim.
Dalam melaksanakan penuntutan yang menjadi wewenangnya, penuntut Umum segera membuat surat dakwaan berdasarkan hasil penyidikan. Dalam hal didapati oleh penuntut umum bahwa tidak terdapat cukup bukti atau peristiwa tersebut bukan merupakan peristiwa pidana atau perkara ditutup demi hukum, maka penuntut umum menghentikan penuntutan yang dituangkan dalam suatu surat ketetapan. Apabila tersangka berada dalam tahanan tahanan, sedangkan surat ketetapan telah diterbitkan maka tersangka harus segera di keluarkan dari tahanan. Selanjutnya, surat ketetapan yang dimaksud tersebut dikeluarkan dari tahanan. Selanjutnnya, surat ketetapan yang dimaksud tersebut dibertahukan kepada tersangka. Turunan surat ketetapan tersebut disampaikan kepada tersangka atau keluarga atau penasihat hukum, pejabat rumah tahanan negara, penyidik dan hakim. Atas surat ketetapan ini maka dapat dimohon praperadilan, sebagaimana diatur dalam BAB X, bagian kesatu KUHAP dan apabila kemudian didapati alasan baru, penuntut umum dapat melakukan penuntutan terhadap tersangka.
Nebis in Idem berarti tidak melakukan pemeriksaan untuk kedua kalinya mengenai tindakan (feit) yang sama. Ketentuan ini disahkan pada pertimbangan, bahwa suatu saat (nantinya) harus ada akhir dari pemeriksaan/penuntutan dan akhir dari baliknya ketentuan pidana terhadap suatu delik tertentu. Asas ini merupakan pegangan agar tidak lagi mengadakan pemeriksaan/penuntutan terhadap pelaku yang sama dari satu tindakan pidana yang sudah mendapat putusan hukum yang tetap.
Dengan maksud untuk menghindari dua putusan terhadap pelaku dan tindakan yang sama juga akan menghindari usaha penyidikan/ penuntutan terhadap perlakuan delik yang sama, yang sebelumnya telah pernah ada putusan yang mempunyai kekuatan yang tetap. Tujuan dari atas ini ialah agar kewibawaan negara tetap junjung tinggi yang berarti juga menjamin kewibawaan hakim serta agar terpelihara perasaan kepastian hukum dalam masyarakat
Agar supaya suatu perkara tidak dapat diperiksa untuk kedua kalinya apabila; Pertama Perbuatan yang didakwakan (untuk kedua kalinya) adalah sama dengan yang didakwakan terdahulu. Kedua Pelaku yang didakwa (kedua kalinya) adalah sama. Ketiga untuk putusan yang pertamateri terhadap tindakan yang sama itu telah mempunyai kekuatan hukum yang tetap.
Belakangan dasar ne bis in idem itu digantungkan kepada beberapa hal bahwa terhadap seseorang itu juga mengenai peristiwa yang tertentu telah diambil keputusan oleh hakim dengan vonis yang tidak diubah lagi. Putusan :
Pertama Penjatuhan Hukuman (veroordeling) Dalam hal ini oleh hakim diputuskan, bahwa terdakwa terang salah telah melakukan peritiwa pidana yang dijatuhkan kepadanya;atau
kedua: Pembebasan dari penuntutan hukum (ontslag van rechtvervoging) Dalam hal ini hakim memutuskan, bahwa peristiwa yang dituduhkan kepada terdakwa itu dibuktikan dengan cukup terang, akan tetapi peritiwa itu ternyata bukan peristiwa pidana, atau terdakwanya keadapatan tidak dapat di hukum karena tidak dapat dipertanggung jawabkan atas perbuatannya itu, bahwa keslahan terdakwa atas peristiwa yang dituduhkan kepadanya tidak cukup buktinya.
Dalam Pasal 77 KUHP yang berbunyi: Hak Menuntut hukum gugur (tidak berlaku lagi) lantaran si terdakwa meninggal dunia. Apabila seorang terdakwa meninggal dunia sebelum putus ada putusan terakhir dari pengadilan maka hak menuntut gugur. Jika hal ini terjadi dalam taraf pengutusan, maka pengusutan itu dihentikan. Jika penuntut telah dimajukan, maka penuntut umum harus oleh pengadilan dinyatakan tidak dapat diterima dengan tentunya (Niet-ontvankelijk) umumnya demikian apabila pengadilan banding atau pengadilan kasasi masih harus memutuskan perkaranya.
Pasal 82 82 KUHP yang berbunyi : Ayat (1) :” Hak menuntut hukum karena pelanggaran yang terancam hukuman utama tak lain dari pada denda, tidak berlaku lagi bagi maksimun denda dibayar dengan kemauan sendiri dan demikian juga di bayar ongkos mereka, jika penilaian telah dilakukan, dengan izin amtenaar yang ditunjuk dalam undang-undang umum, dalam tempo yang ditetapkannya”.
Ayat (2): ”Jika perbuatan itu terencana selamanya denda juga benda yang patut dirampas itu atau dibayar harganya, yang ditaksir oleh amtenaar yang tersebut dalam ayat pertama”.