Menurut Soekarno, demokrasi ini tidak sesuai dengan iklim politik Indonesia. sehingga perseteruan-perseteruan partai-partai politik harus diakhiri dengan memberlakukannya kembali UUD 1945 dibawah system Demokrasi Terpimpin (Guided Democracy) melalui Dekrit Presiden 5 Juli 1959. Namun, sejak saat itu Presiden Soekarno memiliki kekuasaan yang tak terbatas, bahkan dinobatkan sebagai presiden seumur hidup.
Hubungan Islam dan Negara tecermin pada kepemimpinannya Presiden Soekarno yang menjalankan fusi politik ciptaannya, yakni Nasakom (nasionalis, agama, komunis). Nasakom terdiri atas tiga komponen dominan dari hasil pemilu 1955: PNI, Islam (diwakili NU), dan PKI. Keberadaan PKI sangat penting bagi pemerintahan Soekarno karena perolehan suaranya yang sangat signifan dalam pemilu.Â
Model kepemimpinan "Tiga Kaki" Presiden Soekarno ini menimbulkan kecemburuan politik di kalangan kelompok militer dibawah Jenderal A.H. Nasution. Perseteruan antara TNI dengan PKI berdampak pada persekutuan politik antara kelompok Islam dan militer untuk menghadapi PKI yang tengah dekat dengan Presiden Soekarno. Seperti perseturuan ideologi sebelumnya, ideologi sosialis komunis yang menjadi alasan utama kelompok Islam untuk berkoalisi dengan TNI melawan paham komunis.
Sistem Demokrasi Terpimpin pada masa Soekarno berakhir dengan peristiwa politik yang tragis yakni Gerakan 30 September 1965 (G30SPKI) yang merupakan gerakan makar yang merupakan buah dari perseteruan ideologis panjang antara PKI dengan TNI khususnya AD. Peristiwa ini sekaligus merupakan awal kejatuhan politik Presiden Soekarno dan awal naiknya kiprah politik Presiden Soeharto. Melalui Surat Perintah Sebelas Maret (Supersemar), Panglima Kostrad (Komando Strategis AD) Letnan Jenderal Soeharto kala itu memimpin pemulihan keamanan nasional dengan melakukan penumpasan tehadap semua unsur komunis di Indonesia.
Dengan slogan kembali ke Pancasila secara murni dan konsekuen, Presiden Soeharto memulai kiprah kepemimpinan nasionalnya dengan sebutan Orde Baru, sebagai pengganti Orde Lama yang dianggap telah menyimpang dari Pancasila dan UUD 1945.
