Pengembangan Obat Covid Melalui Senyawa Minyak Putih

Coronavirusdisease (Covid-19) adalah virus yang disebabkan oleh SARS[1]CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome-Coronavirus-2), dalam pembentukan virus tersebut di motori olehenzim main protease (Mpro), sehingga Mpro ini dapat dijadikan target dalam penemuan dan pengembangan obat baru sebagai anticovid-19. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui potensi senyawa sineol, -pinendan kariofilenserta kombinasi ketiganya dari minyak kayu putih sebagai model kandidat senyawa obat anticovid-19 melalui ikatannya dengan Mpro SARS-CoV-2.

Penelitian ini menggunakan metode molecular docking dengan ligan uji sineol, -pinen, kariofilen dan kombinasi ketiganya serta ligan pembanding lopinavir dan hesperetin menggunakan software PLANTS. Pengujian dilakukan terhadap main protease (Mpro) dengan kode PDB 6LU7. Validasi 6LU7 dengan menggunakan YASARA, preparasi ligan uji dan ligan pembanding menggunakan software ChemAxon, running molecular docking menggunakan softwarePLANTSserta visualisasi hasil docking menggunakan softwareLigPlot+ dan PyMOL.

Validasi metode docking diperoleh nilai RMSD 1.7924 ( < 2 ). Skor docking ligan nativesebesar(-135.726), sineol (-56.0103), -pinen (-61.6399), kariofilen (-61.8503), kombinasi ketiganya (-61.8545), hesperetin (-79.5676) serta lopinavir (-125.519). Uji T statistik dengan taraf kepercayaan = 0.005. Visualisasi hasil dockingdiperolehligan native berikatan dengan asam amino sebanyak (25 AA), sineol (9 AA), -pinen (8 AA), kariofilen (13 AA), kombinasi ketiganya (13 AA), hesperetin (10 AA) dan lopinavir (22 AA). Senyawa sineol, [1]pinen, kariofilendan kombinasi ketiganya mampu berikatan dengan beberapa asam amino yang sama dengan ligan native dan ligan pembanding.