Setelah menanti agak lama, akhirnya Habibie punya kesempatan pulang ke Indonesia. Saat Habibie pulang ke Indonesia,ia berkesempatan menziarahi makam bapaknya di Ujung Pandang. Menjelang lebaran ia pulang ke Bandung dan bertamu ke rumah tetangganya yang lama, keluarga Ainun. Saat itu pula Ainun secara kebetulan sedang mengambil cuti dari tempat kerjanya di RSCM dan pulang ke Bandung. Di sanalah cinta lama bersemi kembali setelah sekian lama mereka tidak bersua. Saat berjumpa dan bertatp mata Habibie mengatakan: “Kok gula Jawa sekarang sudah menjadi gula pasir?”. Pertemuan mereka berlanjut di Jakarta. Habibie mengikuti Ainun yang kembali ke Jakarta untuk masuk kerja di RSCM. Di Jakarta Habibie tinggal di Jl. Mendut, rumah kakaknya yang tertua.
[/caption]
Sama-sama tinggal di Jakarta membuat cinta mereka semakin bersemi. Mereka saling berjanji untuk sering bertemu dan merindukan satu sama lain. Habibie kerap menjemput Ainun yang bekerja di RSCM. Pada malam hari mereka pacaran dan melewati waktu dengan sangat indah. Sesekali mereka naik becak dengan jok tertutup, meskipun sebenarnya malam tidak diguyur hujan. Dan ketika mereka semakin dekat, Habibie menguatkan hati untuk mejatuhkan pilihannya pada Ainun. Ia melamar Ainun dan mempersunting menjadi istrinya.
Ainun disunting oleh BJ Habibie menjadi istrinya pada tanggal 12 Mei 1962. Mereka menghabiskan bulan madu di tiga kota. Kaliurang, Yogyakarta, dilanjutkan ke Bali lalu diakhiri di Ujung Pandang, daerah asal B. J. Habibie. Dari pernikahan ini mereka dikaruniai dua orang putra; llham Akbar dan Thareq Kemal dan enam orang cucu. Namun demikian dalam penganugerahan gelar Doktor kehormatan kepadanya oleh Universitas Indonesia, Habibie mengatakan kalau ia punya cucu ribuan jumlahnya: "Saya mau garis bawahi. Di usia saya yang 74 tahun ini, anak biologis saya cuma dua. Cucu biologis saya hanya enam. Tetapi anak cucu intelektual saya ribuan jumlahnya.” Tentu saja yang dimaksudkan Habibie adalah mahasiswanya yang tersebar di berbagai belahan dunia.
[caption id="attachment_148010" align="alignleft" width="300" caption="Habibie-Ainun dan kedua anak dan menantu mereka (Sumber lima)"][/caption]
Menjadi Ibu dua Pangeran
Setelah menikah Ainun ikut dengan Habibie yang harus menyelesaikan pendidikan doktoralnya di Jerman. Kehidupan awal di sana dilalui dengan perjuangan yang luar biasa. Setidaknya ia harus bersabar dengan pendapatan yang teramat kecil dari beasiswaHabibie. Namun dengan tekun dan sabar ia tetap menyertai Habibie. Bahkan untuk menghemat ia menjahit sendiri keperluan pakaian bayi yang dikandungnya. Dan disanalah ia mengandung dua putranya, melahirkan dan mebesarkannya.
Ainun adalah seorang ibu yang sangat bertanggung jawab dalam mebesarkan anak-anaknya. Sejak kecil ia membiasakan anakuntuk mengembangkan kepribadian mereka sendiri. Ia membebaskan anak-anak untuk berani bertanya tentang hal yang tidak diketahuinya. Dan Ainun akan memberikan jawaban jika ia mampu atau ia akan meminta Habibie jika tidak mampu. Hal ini tentu saja karena ia sadar kalau anak-anak sejak kecil harus dibangun keingintahuan dan kreatifitasnya.
Selain itu Ainun juga membiasakan anaknya hidup sederhana. Uang jajan diberikan pas untuk satu minggu. Dengan demikian si anak memiliki kebebasan untuk memilih jajanan yang mereka sukai., dan mengelola uang mereka sendiri. Anak-anak Ainun tumbuh sebagai anak yang menghargai kesederhanaan itu. Pernah mereka harus bolak-balik dari satu toko ke toko lain untuk mendapatkan harga yang pas sebelum membeli suatu barang.
Hal yang juga tidak kalah penting dalam mendidik anak adalah membiasakan mereka mengemukakan pendapat dengan mengajak mereka berdiskusi di rumah. Menurut Ainun, jika anak-anak berani mengeluarkan pendapat, artinya mereka sedang belajar dalam hidupnya. Dan bagi orang tua, itulah saatnya melaksanakan kewajiban memberikan bekal bagi kehidupan mereka.
Dan benar saja, hasil didikan itu menjadikan kedua anak mereka tumbuh sebagai seorang yang luar biasa. Seperti kita tahu bahwa Ilham Habibie menyelesaikan pendidikan di Muenchen dalam ilmu aeronautika dan meraih gelar PdD dengan predikat summa cumlaude, lebih tinggi dari predikat ayahnya. Sementara Thareq Kemal menyelesaikan Diploma Inggeneur di Braunsweig, Jerman.