YPTE didirikan dengan modal Rp 419.352,- dari pajak kopra dan sumbangan Persatuan Pabrik Rokok Kudus. Dalam waktu singkat, modal YPTE menjadi Rp 18 juta, atau meningkat 4300% (sumber: Elson, “Suharto: A Political Biography”). Menariknya, modus operandi bisnis lewat yayasan ini kemudian marak terjadi pada rejim Orde Baru.
1.2. Tujuh Jenderal Pemeriksa
Ketika itu, KASAD A.H. Nasution tengah membentuk tim pemeriksaan untuk membersihkan jajarannya dari korupsi. Asisten KASAD A. Yani marah besar dengan kasus dugaan korupsi Kol. Soeharto. Dugaan korupsi itu kemudian ditangani oleh tim pemeriksa MBAD yang diketuai Suprapto dengan anggota S.Parman,MTHaryono, dan Sutoyo. Namun proses hukum dihentikan oleh Wakil KASAD Gatot Subroto.
Menariknya, enam jenderal yang memeriksa dugaan korupsi itu "kebetulan" sama dengan tujuh jenderal korban G30S. Hanya D.I. Panjaitan yang tak masuk dalam tim itu.
Akibat kasus tersebut, Kol. Soeharto dicopot jabatannya sebagai Pangdam Diponegoro, digantikan oleh Kol. Pranoto. Soeharto kemudian disekolahkan ke Seskoad di Bandung.
Ketika di Seskoad, Soeharto dicalonkan menjadi Ketua Senat. Namun D.I. Panjaitan menentangnya, mengingat latar belakang Soeharto yang kurang bersih dalam kasus dugaan korupsi dan penyelundupan itu.
Dengan demikian, lengkaplah tujuh jenderal yang menentang kasus korupsi Kol. Soeharto itu “kebetulan” sama dengan tujuh jenderal yang dijadikan target G30S.
1.3. Trio Intel
Catatan penting lainnya dari Kodam Diponegoro itu adalah terbentuknya trio intel Soeharto-Ali-Yoga. Soeharto (ketika itu Letkol) dinaikkan pangkat dan diangkat jadi Pangdam Siliwangi karena manuver Ali Murtopo dan Yoga Sugama menyabot Kol. Bambang Supeno, yang pengangkatannya hampir ditandatangani Presiden (sumber: Soebandrio, “Kesaksianku Tentang G30S”).
Keterkaitan trio ini terus berlanjut. Ketika Soeharto menjabat sebagai Pangkostrad, ia menarik pulang Yoga Sugama dari tugasnya sebagai Atase Militer di Yugoslavia, dan mengangkatnya jadi Kepala Intelijen Kostrad. Menurut Kepala Badan Pusat Intelijen Soebandrio, Soeharto sengaja membentuk jaringan intel sendiri untuk menyabot kebijakan-kebijakan Soekarno, antara lain soal Ganyang Malaysia yang akan dibahas pada butir 3.1 (Sabotase Petinggi Kanan).