Padahal, sejak awal kemunculannya di Indonesia, PKI tidak menerapkan atheisme. Bahkan, menurut banyak saksi mata, para tokoh PKI dikenal sangat religius. DN Aidit, misalnya. Ia putra seorang ulama yang rajin mengaji dan berpuasa di bulan Ramadhan. Begitu juga Amir Sjarifuddin yang merupakan seorang Kristen yang taat.
Kini, stigma PKI yang anti-agama terlanjur tersebar luas dan diyakini oleh masyarakat bertentangan dengan asas ketuhanan Pancasila. Akan tetapi, tanpa stigma itu pun, PKI memang harus dibubarkan. Meski PKI dan para tokohnya mengaku tetap beragama, ajaran agama mana pun tidak membenarkan tindakan politik yang menggunakan kekerasan apalagi merampas hak milik orang lain.
Mungkin, hanya Bung Karno yang paham betul tentang komunisme. Sehingga, beliau berani mengeluarkan gagasan Nasakom sebagai tiga pilar utama kekuatan rakyat sejak tahun 1926 atau pada tahun yang sama ketika Bung Karno mendeklarasikan berdirinya Partai Nasional Indonesia (PNI).
Konsep tiga pilar utama yang sempat terabaikan kembali didengungkan Sukarno setelah Indonesia merdeka, tepatnya pada 1956. Alasan dan tujuan Bung Karno saat itu adalah karena menilai sistem Demokrasi Parlementer tidak cocok untuk negara Indonesia.
Zulfikri Suleman dalam Demokrasi untuk Indonesia: Pemikiran Politik Bung Hatta (2010) menuliskan, menurut Sukarno, Demokrasi Parlementer melindungi sistem kapitalisme karena parlemen dikuasai oleh kaum borjuis dan tidak akan bisa memakmurkan rakyat.
Sukarno bahkan menyatakan bahwa Nasakom merupakan perwujudan Pancasila dan UUD 1945 dalam politik. Dalam pidatonya pada peringatan Hari Kemerdekaan RI tanggal 17 Agustus 1961, Bung Karno menegaskan:
“Siapa yang setuju kepada Pancasila, harus setuju kepada NASAKOM; siapa yang tidak setuju kepada NASAKOM, sebenarnya tidak setuju kepada Pancasila,” lantang Sukarno dikutip dari Sejarah Perjumpaan Kristen dan Islam di Indonesia (2004) karya Jan S. Aritonang.
Tidak ada yang berani melabeli Bung Karno sebagai presiden yang tidak paham cara menentukan pilar-pilar bernegara. Tapi beliau manusia, sama seperti tokoh-tokoh komunis lainnya. Bisa jadi saat itu beliau sempat salah memahami komunisme. Atau justru pemahamannya sudah benar, namun PKI yang gagal memanfaatkan kepercayaan Bung Karno. Sehingga, mereka semua tidak menduga bahwa lawan politiknya akan memanfaatkan 'pemahaman yang menyimpang' itu untuk menyingkirkan komunisme dari bumi Indonesia dengan dakwaan: "percobaan pembunuhan Pancasila".
