Pemikiran dan tulisan Fouda salah satunya dalam bukunya "Kebenaran yang Hilang: Sisi Kelam Praktik Politik dan Kekuasaan dalam Sejarah Kaum Muslimin" (2007, xv).
Khilafah dalam sejarahnya tak lebih dari sistem kekuasaan totaliter yang berselubung agama. Yang sering tampak dari politik Islam justru hal-hal yang bertentangan dengan Islam.
Tiga dari empat khulafaur rasyidin (Abu Bakar, Umar, Utsman, dan Ali), wafat karena pembunuhan politik yang terjadi di tengah polarisasi atau perang saudara di kalangan pengikut-pengikut Nabi, yang menurut riwayat telah dijamin masuk surga. Hanya Abu Bakar yang wafat secara wajar.
Utsman bin Affan tewas dan jenazahnya tidak diberlakukan dengan hormat. Jenazahnya baru dimakamkan tiga hari setelah ia wafat. Ketika proses pemakaman berlangsung, sebagian Muslim tidak mau menyembahyangkannya.
Bahkan ada yang melempari, meludahi, dan mematahkan salah satu persendian mayatnya. Akhirnya, ia tidak diperkenankan dikuburkan di pemakaman Muslim, sehingga harus dikuburkan di pemakaman Yahudi.
Para pembunuh Utsman sementara itu bebas berkeliaran. Mereka seakan-akan tidak mengindahkan kenyataan bahwa Usman termasuk jajaran orang-orang yang pertama masuk Islam. Mereka juga tidak memperhatikan umurnya yang sudah 83 tahun. Mereka melupakan bahwa ia adalah suami salah seorang putri Nabi.
Foudah menambahkan (p. xvii),
Kebanyakan orang hanya akan mendengar apa yang mereka sukai, lalu mereka menganggap orang yang berbeda pemahaman dengan mereka sebagai pidana kriminal.
Prioritas beragama, bukan tentang hal yang remeh temeh seperti jenggot, pakaian model Pakistan, menggunakan siwak, tatacara masuk kamar kecil, mencari tahu dimana Dajjal akan muncul.
Hal-hal yang lebih esensial adalah menuntut ilmu pengetahuan, menegakkan keadilan, dan menyelesaikan berbagai masalah sosial dan ekonomi dengan menggunakan ijtihad, malah tidak dipikirkan.
Kelompok yang terpapar radikal kerap mengkritik hal-hal yang mereka anggap bertentangan dengan ideologi mereka, terutama tentang demokrasi. Menurut mereka demokrasi adalah haram. Demikian juga Pancasila, dan Undang-Undang Dasar 1945.