Berdasarkan UU nomor 33 tahun 2004 tentang perimbangan keuangan pusat dan daerah. Ada beberapa instrument perimbangan keuangan yaitu DBH,DAK,dan DAU. Namun berbeda dengan otonomi khusus yang sumber dananya berasal dari APBN. Dalam bidang Keuangan Daerah, kekhususan yang diberikan kepada Provinsi Papua terkait dengan pelaksanaan Otonomi Khusus adalah berupa adanya :
Pos Penerimaan Khusus Dalam Rangka Pelaksanaan Otonomi Khusus yang besarnya setara dengan 2% (dua persen) dari plafon Dana Alokasi Umum Nasional selama 25 tahun, yang terutama ditujukan untuk pembiayaan pendidikan dan kesehatan
Pos Dana Tambahan Infra Struktur Dalam Rangka Pelaksanaan Otonomi Khusus yang besarnya ditetapkan antara Pemerintah dengan DPR berdasarkan usulan Provinsi pada setiap tahun anggaran, yang terutama ditujukan untuk pembiayaan pembangunan infrastruktur.
Sejak dibentuk pada tahun 2001 otsus Papua masih mengalami pro dan kontra. Selama berlakunya otsus telah mempengaruhi kehidupan di Papua dan dapat terlihat banyak hal mulai tercapai mulai dari perubahan pembangunan yang mulai terealisasi untuk mengejar ketertinggalan Papua dari daerah-daerah lain di Indonesia. Dalam sektor pendidikan dan kesehatan, Papua masih kurang karena tidak semua wilayah di Papua mendapatkan pemerataan fasilitas ini, terdapat beberapa desa-desa di Papua yang belum secara maksimal mendapat fasilitas tersebut.
Dana yang diberikan telah dikerahkan secara optimal tetapi entah apa yang menjadi permasalahan sehingga masih terjadi kesenjangan pendidikan dan kesehatan di wilayah Papua sendiri. Sangat diharapkan bahwa menjadi evaluasi bagi pemerintah daerah beserta komponennya agar dapat mempergunakan dan ostus ini secara baik dan benar. Otsus dapat menjadi solusi yang terbaik bagi Papua jika terciptanya sinergi yang baik sesuai dengan substansi UU Otsus dengan sikap nyata dan konsistensi antara pemerintah pusat dan pemerintah daerah juga beserta segenap komponen masyarakat Papua.
