Penanganan pembangunan sektor khususnya sektor perkebunan memang tidak semudah membalik telapak tangan, berbagai kendala dan permasalahan tersimpan dalam sektor ini. Tidak hanya pendekatan anggaran sebagai konsekuensi dari pemenuhan kualitas produk, infrastruktur dan pengembangan teknologi, namun manajemen/pengelolaan sektor ini harus memperhatikan dan mempertimbangkan banyak aspek. Jika hal tersebut tidak diperhatikan secara seksama khususnya perkebunan rakyat, maka tidak menutup kemungkinan sektor perkebunan akan mengalami penurunan produksi/kontribsi terhadap devisa kesejahteraan petani. Resiko terhadap import dimungkinkan terjadi secara besar besaran akibat lemahnya pengelolaan sektor ini.
Berbagai permasalan tersebut sebagai berikut:
Masalah Sosiokultural (Sosial Budaya). Krisis multidimensi memicu terjadinya konflik sosial di daerah perkebunan. Masalah konflik sosial ini terjadi karena beberapa hal sebagai berikut: (1) Pasar lahan tidak dapat mengalokasikan lahan secara efisien dan adil. Hal ini terjadi terutama dengan semakin meningkatnya jumlah penduduk serta kebijakan pengalokasian lahan masa lalu yang tidak sesuai dengan tuntutan masyarakat. Pada saat ini kepemilikan lahan perkebunan rakyat rata-rata adalah 0,92 ha/petani, sementara pada perkebunan besar mengelola lahan rata-rata 1.947 ha/unit usaha, (2) Tatanan dan kebijakan di bidang agraria tidak kompatibel dengan perkembangan dan kondisi sosial masyarakat, (3) Sistim administrasi pertanahan belum tertib, terutama dengan terjadinya duplikasi pemilikan atau penguasaan lahan, (4) Lahan yang tersedia belum dimanfaatkan secara efisien dan produktif. Untuk lahan HGU perkebunan besar sekitar 4,6 juta ha,saat ini baru termanfaatkan untuk tanaman, bangunan dan emplasemen sekitar 60%, (5) Kepastian hukum masyarakat terhadap lahan belum terjamin, (6) Makin kompetitifnya alternatif penggunaan lahan. Hal ini terutama kompetisi dengan peruntukkan pemukiman maupun dengan industri, (7) Masih terdapat lahan perkebunan rakyat yang berada pada kawasan hutan dan telah berlangsung cukup lama dari generasi ke generasi, (8) Pemilikan lahan masih berfungsi sebagai komoditas perdagangan (belum melihat lahan dari azas manfaat), dan (9) Penyediaan fasilitas pembiayaan untuk perkebunan besar swasta nasional yang mencakup 2 juta ha dibiayai dari dana kredit sebanyak 1,6 juta ha (80%), sedangkan pada perkebunan rakyat, dari 11,2 juta ha yang ada, yang dibiayai dengan kredit hanya sebanyak 2 juta ha (18%). Angka tersebut menunjukan masih rendahnya perhatian lembaga keuangan terhadap pembangunan perkebunan rakyat, sebagaimana telah digambarkan memiliki potensi sangat besar.
Masalah Iptek. Apresiasi dan perhatian terhadap hasil Iptek masih rendah. Manajemen feodalistik perkebunan besar menganggap penggunaan dana untuk kebutuhan Iptek sebagai pemborosan. Iptek dianggap belum menjadi bagian integral dari pengembangan usaha perkebunan. Penyediaan dana penelitian dan pengembangan perkebunan masih mengandalkan pemerintah dan sebagian kecil dari BUMN.
Dengan keterbatasannya, lembaga penelitian perkebunan hingga saat ini belum berhasil melakukan transfer teknologi, terutama ke perkebunan rakyat secara efektif. Transfer teknologi masih terbatas pada daerah-daerah pengembangan perkebunan rakyat.
Masalah SDM. Permasalahan perkebunan lainnya terkait dengan masalah kualitas sumber daya manusia perkebunan, baik dari kalangan petani, pengusaha maupun aparat pemerintah. Sampai saat ini masih dijumpai berbagai permasalahan sebagai berikut: (1) Mentalitas yang hidup dan berkembang di masyarakat belum mendukung berkembangnya nilai-nilai yang dibutuhkan untuk kemajuan, kemandirian dan kesejahteraan masyarakat. Sebagai contoh, pada sebagian masyarakat masih sangat tergantung kepada proyek-proyek pemerintah, (2) Daya asimilasi dan absorbsi terhadap teknologi masih lemah. Hal ini terlihat dengan masih terbatasnya (sekitar 20%) dari masyarakat petani yang menggunakan klon unggul dalam usaha kebunnya, (3) Kemampuan teknis, wira usaha dan manajemen masih rendah. Dengan kondisi ini, petani ataupun kelembagaan ekonomi petani belum mampu memanfaatkan peluang bisnis yang ada di lingkungannya, (4) Kemampuan lobby yang masih rendah. Kemampuan lobby ini dibutuhkan untuk dapat memperluas peluang usaha, baik petani mapun dunia usaha.
Masalah Kelembagaan. Permasalahan perkebunan juga terkait dengan masalah kelembagaan. Kelembagaan yang ada masih belum mampu mengembangkan kegiatan ekonomi masyarakat, sekaligus mempertangguh struktur komoditas dan efisiensi dari seluruh rangkaian kegiatan. Penumbuhan kelembagaan petani dan pengembangan kemitraan usaha antara petani dengan pengusaha atau perkebunan besar masih menghadapi beberapa kendala sebagai berikut : (1) Terjadinya ekonomi dualistik antara perkebunan rakyat dengan perkebunan besar, maupun antara hulu dan hilir yang sering menimbulkan konflik, (2) Terjadinya praktek-praktek kegiatan monopoli, oligopoli, dan monopsoni spasial terutama di kegiatan hilir yang menyebabkan inefisiensi usaha, (3) Kelembagaan petani masih lemah, baik dari aspek sosial maupun ekonomi. Lemahnya kelembagaan ini kemungkinan karena terjadinya intervensi yang berlebihan dari pemerintah, terutama dengan pembentukan KUD-KUD yang justru banyak merusak tatanan kelembagaan masyarakat, (4) Kelembagaan permodalan dan investasi kurang mendukung. Dalam kondisi perekonomian seperti saat ini, maka diperlukan lembaga keuangan alternatif yang dapat dimanfaatkan untuk mempercepat pengembangan hutan dan kebun, (5) Kelembagaan yang menjamin keberpihakan kepada petani masih lemah. Hal ini terjadi kemungkinan karena anggapan bahwa petani tidak mampu untuk mengembangkan usahanya secara ekonomis, (6) Kelembagaan pendidikan perkebunan masih kurang. Lembaga pendidikan yang khusus menangani perkebunan yang ada saat ini masih sangat terbatas, padahal lokasi pengembangan perkebunan sebagian besar di luar Jawa, (7) Kelembagaan pemasaran masih lemah. Hal ini ditunjukkan dengan masih terbatasnya pasar komoditas perkebunan. Pasar ekspor komoditas perkebunan selama ini terkonsentrasi pada negara pengimpor tradisionil, sedangkan untuk pasar baru masih terbatas, (8) Kelembagaan Iptek belum optimal, terutama kemampuan kelembagaan Iptek yang benar-benar mampu menghasilkan Iptek yang dibutuhkan oleh dunia usaha, (9) Kelembagaan informasi belum berkembang, baik informasi di bidang iptek maupun pemasaran, (10) Kelembagaan pertanahan masih lemah. Hal ini ditunjukkan dengan semakin banyaknya kasus-kasus lahan yang sering menimbulkan konflik, dan (11) Bagi Indonesia, sawit adalah salah satu sumber pendapatan utama. Dari sekitar 11 juta hektar perkebunan sawit di seluruh dunia, lebih dari 6 juta hektar terdapat di Indonesia. Sayangnya, untuk mencapai luas 6 juta, dipercaya, hutan tropis yang dibuka dan ditebang luasnya jauh lebih besar dari angka tersebut. Perluasan perkebunan sawit, diakui telah menimbulkan masalah lingkungan dan sosial yang parah.
Masalah Lingkungan. Metode paling efisien dalam kegiatan pembukaan lahan perkebunan adalah pembakaran. Namun dampak lingkungan yang ditimbulkannya sangat merugikan. Sampai saat ini, pembakaran dalam kegiatan pembukaan lahan masih dijalankan, baik di perkebunan rakyat maupun perkebunan besar. UU tentang pengelolaan lingkungan hidup masih memberi toleransi adanya pembakaran terkendali untuk perkebunan rakyat dan pelarangan untuk perkebunan besar.
Limbah padat, cair dan gas masih menjadi masalah penting di perkebunan, baik di level on farm maupun di pabrik. Masalah ini timbul dalam batas tertentu karena belum adanya teknologi penanganan limbah, mahalnya investasi industri pemanfaatan limbah perkebunan dan rendahnya kesadaran penanganan limbah dan lemahnya penerapan peraturan perundang-undangan yang berkaitan dengan penanganan limbah. Masalah lingkungan ini kebanyakan terjadi pada perkebunan kelapa sawit.
Sebagian besar perkebunan sawit muncul dengan mengkonversi hutan tropis yang memiliki keanekaragaman hayati yang tinggi menjadi hamparan perkebunan monokultur. Dalam pengelolaannya, penggunaan bahan kimia intensif, salah satunya herbisida kerap digunakan dan menjadi salah satu faktor perusak lingkungan yang signifikan.
Akibatnya berbagai spesies tanaman dan hewan yang bergantung hidupnya pada hutan terancam keberadaannya. Konflik terbuka antara manusia dengan berbagai hewan seperti dengan gajah dan harimau tidak dapat dihindari, seperti yang kerap terjadi di Sumatera. Sementara, sebagian hewan lainnya, semisal orang utan di Kalimantan semakin sulit mendapatkan makanan. Luas hutan yang menyempit akibat perluasan kebun sawit tidak mampu lagi menyediakan kebutuhan beragam spesies liar yang hidup di hutan.
