Dalam sejarahnya, istilah fundamentalisme berakar dalam pemikiran dan tradisi di lingkungan Kristen. Dimana istilah ini pertama kali digunakan untuk menamai sebuah gerakan yang cenderung agresif dan konservatif pada masa pasca Perang Dunia I, di lingkungan gereja Kristen Protestan di Amerika Serikat, dan terus bertambah di lingkungan gereja-gereja Baptis, Desciple dan Presbyterian, sehingga mendapat dukungan dari kalangan kelompok-kelompok kependetaan. Gerakan ini kemudian bertransformasi menjadi suatu aliran pemikiran keagamaan yang cenderung menafsirkan teks-teks keagamaan (scipture) secara rigid (kaku) dan literalis (harfiah).
Kecenderungan penafsiran seperti ini, menurut para tokoh dianggap sebagai fundamentalis, yakni pentingnya menjaga kemurnian doktrin dan pelaksanaanya, disamping itu juga karena adanya keyakinan bahwa penerapan doktrin secara utuh merupakan satu-satunya cara menyelamatkan manusia dari kehancuran.
Gerakan fundamentalisme agama dapat menjadi tantangan bagi dunia politik, keamanan, dan stabilitas negara di seluruh dunia. Gerakan ini mengatasnamakan Islam untuk mencapai tujuan-tujuan non-agama, terutama politik. Fundamentalisme dapat dibedakan menjadi dua, yaitu fundamentalisme tradisional dan fundamentalisme modernis.
Fundamentalisme tradisional menekankan pentingnya kembali kepada sumber orisinil, yakni Alquran dan Hadist. Menurut kelompok fundamentalisme tradisional, sumber utama Islam hanya Alquran dan Hadist.
Sedangkan, fundamentalisme modernis berusaha untuk menjawab tantangan modernitas, yakni untuk menghadapi ideologi-ideologi sekuler, seperti liberalism, marxismem dan nasionalisme. Salah satu contoh kelompok fundamentalis modernis adalah Hizbut Tahrir yang didirikan oleh Hasan al-Banna. Gerakan transnasional ini berusaha untuk menegakkan kembali Khalifah Islamiyah.
Gerakan Hizbut Tahrir mulai masuk ke Indonesia sekitar tahun 1980-an yang dibawa oleh KH Abdullah bin Nuh. Dimana gerakan Hizbut Tahrir Indonesia ini ingin menegakkan Khalifah Islamiyah.
Maka apa hubungannya HTI dengan fundamentalisme agama itu sendiri? Pada dasarnya, fundamentalisme bisa dimaknai dengan suatu usaha sekelompok orang yang taat untuk setia pada dasar-dasar ajarannya.
Fundamentalisme juga muncul sebagai gerakan dengan kecenderungan yang agresif dalam merespon adanya pembaharuan dalam arti mereka cenderung berpikiran untuk kembali pada masa lalu, karena mereka menganggap itu ideal. Tetapi dalam perjalanannya dari masa ke masa, term fundamentalisme selalu memiliki konotasi negatif. Mengapa hal itu bisa tejadi? Karena sebagai pola pikir atau ideologi, fundamentalisme cenderung mempunyai gerakan yang intoleran, ekslusif bahkan terkadang destruktif.
Fenomena fundamentalisme agama dalam tubuh HTI dapat dilihat pada saat gerakan ini menerbitkan sebuah rubrik bulletin Al-Wa'ie, No. 41 yang memuat fatwa tentang larangan akan keterlibatannya unat Islam dalam pemilihan calon legislatif dan kepala negara. Rubrik ini menjelaskan bahwa hukum berpartisipasi dalam pemilihan anggota dewan ialah haram, adapun alasannya ialah:
(1) wewenang yang mereka buat dalam membuat dan menetapkan perundang-undangan tidak sesuai dengan ajaran Islam, karena wewenang tersebut hanyalah milik Allah swt;
(2) mereka seharusnya mengetahui bahwa tugas dan kewajiban mereka ialah mewakili aspirasi rakyat, menyampaikan koreksi, dan menjadi wadah dalam meminta masukan tentang urusan-urusan kaum muslim kepada Khalifah;
