Tabung-tabung kecil berisi RNA dan Master Mix tadi dimasukkan ke alat PCR. Kapasitas alat bervariasi. Ada yang 36, 72 atau 96 sumuran (micro-well).
Pertama, selain tabung untuk sampel, harus disertakan juga tabung berisi kontrol. Fungsinya memastikan apakah proses pemeriksaan berjalan normal. Karena itu, tidak mungkin semua diisi tabung sampel.
Kedua, biasanya tidak dianjurkan untuk memaksakan mengisi semua micro-well. Tujuannya menjaga efektifivitas proses pemeriksaan.
Proses pemeriksaan PCR ini rata-rata 90-120 menit. Itu jika proses lancar. Bila terjadi hambatan harus ada pengulangan. Ada sedikit saja keraguan, harus diulang.
Nah itu mengapa ada yang menyebutkan bahwa pemeriksaan PCR Covid-19 itu selama 3 jam 30 menit. Gabungan antara 1-1,5 jam ekstraksi dan 90-120 menit PCR.
Tapi patut diingat, itu kalau semua lancar, tidak ada pengulangan. Waktu 3 jam 30 menit belum menghitung waktu untuk preparasi sampel. Yang membuat menambah waktu hasil diterima oleh pengirim ialah proses preparasi sampel itu lebih lama daripada proses pemeriksaannya sendiri.
Waktu bisa makin bertambah karena untuk setiap pasien, dalam rangka diagnosis laboratorium pertama kali untuk Covid-19, diambil 2 sampel swab. Kenapa harus dua kali ? Karena kalau ternyata hasil akhirnya negatif, maka harus dari minimal 2 kali pemeriksaan dengan hasil negatif.
Terhadap setiap sampel, ada 3 target gen. Hasil pemeriksaan terhadap ketiga target gen itu harus sinkron. Baru dapat disimpulkan ada tidaknya virus Covid-19. Bila tidak sinkron pada salah satu saja, tidak ada kata lain: harus diulang dari awal.
Berarti butuh 3 tabung dan 3 micro-well di PCR untuk setiap sampel. Padahal untuk menegakkan hasil negatif pada 1 (satu) pasien, minimal 2 sampel. Berarti dibutuhkan minimal 6 tabung pemeriksaan per pasien.
Artinya, kalaupun misalnya sekali running bisa memeriksa 48 tabung, itu baru bisa mencakup 8 pasien. Kalau targetnya 50 pasien per hari? Bisa dibayangkan, bisa dihitung sendiri, harus berapa kali?
Beruntung kalau bisa mendapatkan reagen yang bisa 1 tabung untuk 3 target gen. Berarti dari 48 tabung tersebut, baru mencakup 24 pasien. Itu kalau beruntung mendapatkan reagen yang bisa multi-plex.
