Tabung pertama untuk disimpan. Tabung kedua untuk pemeriksaan. Ini disebut proses aliquot. Minimal 2 tapi sebaiknya ditambah, karena harus tetap ada cadangan bila terjadi hambatan dalam proses pemeriksaan sehingga harus ada pengulangan. Ini proses yang sangat menentukan untuk langkah-langkah selanjutnya.
Agar efektif dan efisien, maka pengerjaan tidak hanya atas sampel tunggal. Dibuka dulu beberapa sampel, sampai sejumlah yang cukup sesuai kapasitas alat pemeriksaan.
Jadi satu per satu sampel menjalani proses : penilaian kelayakan, pencatatan dan aliquoting. Setelah jumlahnya cukup, semua yang tidak perlu, disingkirkan. Tabung sampel sebagian disimpan di lemari pendingin. Tinggal tabung sampel untuk pemeriksaan.
Proses ini waktu nya sangat bervariasi. Tergantung kondisi pengiriman dan wadah sampel, kelayakan isinya dan tentu saja, banyaknya sampel yang harus dikelola.
Setelah preparasi sampel selesai, kemudian baru masuk ke  tahap pemeriksaan Covid-19 analitik yaitu pemeriksaan PCR. Ada dua proses utama: Ekstraksi RNA dan PCR itu sendiri.
Proses ekstraksi ada yang manual ada yang otomatis. Masing-masing ada cirinya sendiri. Bukan soal lebih baik mana, tetapi soal cara kerjanya harus benar-benar sesuai Standar Prosedur Oprasional, apapun metode yang digunakan.
Pada proses ini membutuhkan waktu rata-rata sekitar 1-1,5 jam. Lamanya proses dipengaruhi oleh kapasitas alat dan juga batas kapasitas pemeriksa bila secara manual.
Hasil kerja ekstraksi adalah RNA yang diduga salah satunya adalah RNA dari Covid-19. Pada proses ini tidak selalu lancar ada kalanya menemui masalah. Bila terjadi pengulangan akan menambah waktu.
Setelah proses ekstraksi selesai, barulah masuk ke tahap PCR itu sendiri. Hasil ekstraksi tadi, ditambah dengan campuran (Master Mix) tertentu. Isinya: pendeteksi urutan gen dari Covid-19. Inilah reagen yang sangat menentukan. Sifatnya sangat spesifik untuk Covid-19. Tidak bisa sembarangan.
Ada variasi pemilihan target gen yang diperiksa. Untuk Indonesia, mengikuti standar Litbangkes. Ada 3 target. Ketiganya harus diperiksa semua, untuk yakin, apakah benar ada virus Covid-19.
Terdapat reagen yang untuk memeriksanya, harus pada micro-tube terpisah. Ada reagen yang dapat memeriksanya dalam satu micro-tube.Â
