Setelah itu, posisi Mgr Wagener sebagai Administrator Keuskupan Sumba Sumbawa digantikan oleh Monsingur Hendrikus Haripranoto, Pr. Dan Pater Wagener ditugaskan sebagai Magister/Pimpinan Novisiat untuk para calon pastor di Waitabula.
Dari Waitabula Sumba, Pater Wagener ditugaskan oleh Kongregasinya ke Yogyakarta selama 15 tahun (1978 -- 1993). Di sana ia menjadi Rektor Wisma Sang Penebus Yogyakarta, tempat pembinaan para calon imam Kongregasi Redemptoris dan Projo. Ia juga merangkap tugas sebagai Pastor untuk Stasi Nandan.
Berikut, sejak 1993 sampai dengan 1996, Pater Wagener kembali bertugas sebagai Vice Provinsial Kongregasi Redemptoris Indonesia yang berpusat di Wanno Gaspar, Sumba. Dan sejak 1997 sampai sekarang, ia menetap di Waitabula sebagai rektor biara, staf rumah retret, Pastoral Care di Rumah Sakit Karitas Waitabula dan membantu karya pastoral di paroki-paroki.
Pastor Moderator KMKS
Saya sendiri mengenal Pater Wagener saat beliau berkarya di Yogyakarta. Disamping tugasnya yang berat sebagai Rektor Wisma Sang Penebus dan Pastor Stasi Nandan Yogyakarta, ia juga menjadi Pastor Moderator untuk Keluarga Mahasiswa Katolik Sumba (KMKS) Yogyakarta.
KMKS adalah paguyuban atau perkumpulan para mahasiswa/siswa/non mahasiswa asal Sumba yang beragama Katolik. KMKS ini difasilitasi dengan sarana gedung/aula pertemuan oleh Keuskupan Waitabula, yang beralamat di Pringwulung Yogyakarta.
Paguyuban tersebut adalah sarana bagi para mahasiswa/siswa untuk belajar berorganisasi, berdiskusi yang didampingi oleh para pakar, menulis/menerbitkan buletin/majalah, olah raga dan memperoleh bimbingan rohani seperti misa dan ret-ret.
Peranan Pastor Moderator dalam KMKS tersebut sangat besar. Misalnya dalam membantu kekurangan biaya untuk pelaksanaan kegiatan-kegiatan KMKS.
Ketika menjadi Pastor Moderator KMKS Yogyakarta, Pater Wagener sangat mendukung. Bukan hanya yang berkaitan dengan aktivitas KMKS saja. Bahkan terkait dengan masalah kekurangan biaya kebutuhan kuliah dan sehari-hari mahasiswa pun, ia merasa terpanggil dan ringan tangan untuk membantu.
Tanpa maksud memujinya, jika sudah berkaitan dengan pendidikan dan kesehatan mahasiswa / siswa asal Sumba, Pater Wagener tidak akan memisahkan apakah dia Katolik, Protestan atau Islam. Pasti ia akan berusaha menolongnya.
