Dalam konteks sistem pendidikan nasional, agama memiliki peran yang besar dalam membentuk peserta didik sesuai dengan tujuan pendidikan nasional. Visi pendidikan nasional bertujuan untuk menciptakan masyarakatIndonesia yang takwa dan produktif sebagai anggota masyarakat yang beragam. Sejalan dengan itu, misi pendidikan Islam sebagai implementasi dari visi tersebut adalah menciptakan nilai-nilai keislaman dalam proses pembentukan manusia Indonesia. Peluang, tantangan dan solusi yang dihadapi pendidikan islam sebagai Sub Sistem Pendidikan Nasional, antaralain;
1. Peluang
  - Ada kesempatan untuk mengakui lembaga pendidikan Islam sebagai bagian integral dari sistem pendidikan nasional.
Â
  - Jumlah siswa yang tinggi di madrasah menciptakan peluang untuk meningkatkan kualitas pendidikan.
  - Peran penting pendidikan agama dalam mengembangkan potensi peserta didik, membangun kekuatan spiritual dan keagamaan.
2. Tantangan
  - Sistem pendidikan nasional dihadapkan pada tantangan terkait pentingnya standarisasi mutu pendidikan di era global.
  - Tantangan utama melibatkan kemajuan ilmu pengetahuan dan teknologi (IPTEK), demokratisasi, dan dekadensi moral.
  - Sebagai sub-sistem pendidikan nasional, lembaga pendidikan Islam harus mengatasi tantangan ini melalui upaya seperti membangun orientasi dan visi.
3. Solusi
  - Lembaga pendidikan Islam perlu memperkuat kurikulum dan metode pembelajaran yang relevan dengan perkembangan zaman.
  - Pendidikan Islam harus memberikan perhatian khusus pada pengembangan sumber daya manusia yang bermutu, termasuk tenaga pendidik dan yang lainnya.
  - Pendidikan Islam perlu meningkatkan pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi sesuai dengan perkembangan zaman.
