Operasi ganyang malaysia awalnya karena ada rencana mengenai penyatuan beberapa negara bekas jajahan menjadi satu negara yaitu federasi malaysia. Negara yang bergabung yaitu malaya, brunei, sabah, serawak, dan lain-lain.
Konflik ini terjadi karena Indonesia menentang adanya pembentukan federasi malaysia. Alasannya, karena Indonesia menganggap bahwa negara ini didirikan untuk melindungi kepentingan Inggris di Asia Tenggara.
Ketidak sepakatan pemerintah Indonesia mengenai pembentukan Federasi Malaysia karena Indonesia menganggap bahwa negara serumpun itu merupakan proyek neo kolonialisme dan neo imperialisme dari Inggris yang akan mengepung Indonesia
Pemerintah Indonesia berspekulasi bahwa pembentukan federasi malaysia bertentangan dengan politik Indonesia yang anti kolonialisme dan anti imperialisme dengan berbagai macam bentuknya, pembentukan federasi malaysia tidak melalui prosedur dalam hal keterangan-keterangan daerah-daerah koloni dan daerah tak berpemerihtahan.
Soekarno marah karena hal itu mengutuk tindakan demonstrasi anti-indonesia yang menginjak-injak lambang negara indonesia dan ingin melakukan balas dendam dengan melancangkan gerakan yang terkenal dengan nama ganyang malaysia
