Setelah menurunnya aktivitas pelabuhan Cilacap perjalanan angkutan kereta api dari stasiun Cilacap hanya mengangkut angkutan barang saja dan untuk angkutan penumpang dilayani di stasiun Maos yang menguhubungkan jalur kereta api menuju ke arah Bandung dan stasiun Kroya yang menghubungkan dengan jalur menuju ke arah Purwokerto serta Yogyakarta. Pada tahun 1995 Perusahaan Umum Kereta Api (Perumka) Indonesia menambah relasi perjalanan kereta api dari Stasiun Cilacap menuju Stasiun Gambir, Jakarta melewati Kroya, Purwokerto, dan Cirebon. Kereta tersebut bernama Purwojaya dimana sebagai angkutan penumpang pertama di stasiun Cilacap yang melayani relasi jarak jauh setelah puluhan tahun angkutan penumpang dari stasiun Cilacap tidak ada dan hanya bisa dilayani di stasiun Maos dan Kroya. Kereta api purwojaya pada sekarang ini melayani kelas full eksekutif dan pada sebelumnya sejak pertama kalinya berjalan tahun 1995 hingga tahun 2016 terdapat dua kelas yaitu kelas bisnis dan eksekutif, namun dengan meningkatnya permintaan masyarakat PT KAI (Perusahaan kereta api yang sekarang ini setelah Perumka) melakukan peremejaan kelas demi kenyaman para penumpang.
Menurut Surono, Manajer Humas PT KAI Daop 5 Purwokerto, dengan hanya melayani satu kelas menjadi eksekutif diharapkan pelayanan akan menjadi lebih optimal. Selain pelayanan menjadi lebih optimal, status kereta api kebanggaan Daop 5 Purwokerto ini juga menjadi salah satu KA bendera (flag train). "Saat ini dari tujuh kereta api asal Daop 5 Purwokerto belum ada yang berstatus sebagai KA bendera. Dari tujuh KA yang ada tersebut, terdiri dari dua KA dengan kelas campuran eksekutif dan bisnis, yakni (Purwojaya dan Sawunggalih), dua KA kelas ekonomi komersial (Kutojaya Utara dan Kamandaka), serta tiga KA ekonomi subsidi (PSO) yaitu KA Logawa, Serayu dan Kutojaya Selatan," ujarnya saat di wawancara pada tahun 2016 lalu.(https://www.merdeka.com/peristiwa/mulai-23-februari-ka-purwojaya-menjadi-kereta-eksekutif.html).
Selain KA Purwojaya, pada tahun 1999 stasiun Cilacap menambah relasi perjalanan kereta api menuju ke Jember bernama KA Purbaya. Namun, perjalanan KA Purbaya merupakan Feeder dimana dari stasiun Cilacap menuju stasiun Kroya hanya membawa rangkaian pendek kelas ekonomi hanya 2 - 3 gerbong saja dan setelahnya tiba di stasiun Kroya KA Feeder Purbaya dari stasiun Cilacap dirangkaikan kembali dari KA Purbaya dari arah stasiun Purwokerto. Tahun 2002 KA Purbaya mengalami tragedi kecelakaan yang menimpa kereta tersebut dan kebijakan rasionalisasi yang dibuat oleh PT KA pada bulan Januari 2002 menyebabkan kereta api Purbaya berhenti beroperasi dan berganti nama menjadi KA Logawa karena tidak dapat diandalkan sebagai kereta api ekonomi cepat. Setelah berganti nama, KA Feeder Logawa sendiri dari stasiun Cilacap bertahan cukup lama sekitar 10 tahun dan pada tanggal 1 April tahun 2011 KA Feeder Logawa diberhentikan operasionalnya oleh PT KAI Daop 5 Purwokerto karena kereta tersebut sudah tidak sesuai prosedur angkutan penumpang dengan adanya penerapan kebijakan baru oleh pusat sehingga pada tahun 2011 angkutan kereta api yang mengangkut penumpang langsung dari stasiun Cilacap hanya KA Purwojaya relasi Cilacap - Gambir PP dan masyarakat yang tinggal di wilayah Cilacap Kota ketika akan berpergian menggunakan kereta api harus menuju ke stasiun Maos atau stasiun Kroya dimana kedua stasiun tersebut memiliki relasi perjalanan yang banyak dalam satu harinya baik menuju Bandung, Jakarta, Yogyakarta, Semarang, Surabaya, dan Malang.
Selama 7 tahun masyarakat Cilacap menginginkan penambahan relasi perjalanan kereta api dari stasiun Cilacap menuju Yogyakarta, Solo, dan Surabaya seperti KA Fedeer Logawa kala itu. Sehingga pada tahun 2017 PT KAI meluncurkan kereta api baru yang bernama KA Wijayakusuma dengan relasi Cilacap - Yogyakarta - Solo Balapan PP melayani kelas ekonomi premium full rangkaian, dimana tanggal 26 September 2017 melakukan perjalanan perdana dari stasiun Cilacap yang diresmikan oleh Direktur Utama PT KAI, Edi Sukmoro. Antusias masyarakat dengan adanya kereta api baru menambah pilihan transportasi kereta api untuk berpergian ke Yogyakarta maupun Solo bagi masyarakat yang tinggal di wilayah Cilacap Kota tanpa harus naik kereta api dari stasiun Maos ataupun stasiun Kroya. KA Wijayakusuma terdiri dari 11 gerbong dengan kapasitas sebanyak 768 tempat duduk dalam sekali perjalanan. Fasilitas yang dipunyai kereta ini, diantaranya air conditioner, reclining seat dan empat televisi pada setiap gerbong. Direktur Utama PT KAI Persero Edi Sukmoro mengatakan, keberadaan KA Wijayakusuma untuk memberikan kemudahan transportasi umum bagi masyarakat, sekaligus untuk mendukung perekonomian masyarakat Cilacap dan sekitarnya.
Menurut Edi, ini merupakan kereta perdana, dan dimungkinkan jikalau nanti memang penumpang atau peminatnya cukup banyak, akan dipertimbangkan untuk menambah rangkaian. Edi Sukmoro menambahkan, pihaknya sangat berharap kepada Pemerintah Daerah, untuk ikut membantu mempromosikan. Sehingga akan semakin banyak masyarakat yang menggunakan transportasi kereta api. "Karena yang pasti angkutan dengan kereta api ini tidak macet, dan tepat waktu," ujar Edi. Vice President Daop 5 Purwokerto, Dwi Erni Retnowati dalam laporannya mengatakan, nama KA Wijayakusuma dipilih agar tidak asing dengan telinga masyarakat Cilacap. Sehingga semakin menambah keakraban bagi warga yang menggunakan kereta api untuk bepergian. Terhitung mulai tanggal 26 September hingga 26 Desember 2017, lanjut Dwi Erni, KA Wijaya Kusuma menggunakan tarif promo. Untuk relasi Cilacap menuju Yogyakarta (Lempuyangan) dibandrol dengan harga Rp 50 ribu, sedangkan keberangkatan Cilacap menuju solo dengan tarif Rp 70 ribu. Selain itu ada pula tarif spesial untuk rute jarak dekat. Untuk keberangkatan dari Kutoarjo menuju Yogyakarta atau Lempuyangan (pp) dipasang tarif Rp 25 ribu, keberangkatan Kroya menuju Cilacap (pp) dengan tarif Rp 20 ribu, serta dari Yogyakarta menuju Solo (pp) Rp 40 ribu. Bupati Cilacap, Tatto Suwarto Pamuji dalam kesempatan tersebut menyampaikan, terimaksih atas dioperasionalkannya KA Wijayakusuma dari Cilacap menuju ke Yogyakarta-Solo. Kereta ini, menurut Bupati, sudah sangat ditunggu-tunggu masyarakat selama ini. "Diaktifkannya relasi Jogja Solo ini saya yakin akan mendukung daya ungkit perekonomian warga. Ini sudah sangat ditunggu-tunggu warga. Apalagi transportasi menggunakan kereta api ini, menurutnya tidak macet, tepat waktu dan juga murah. Pihaknya juga menghimbau kepada masyarakat untuk menggunakan transportasi ini, ujar Bupati Cilacap. https://jatengprov.go.id/beritadaerah/pt-kai-luncurkan-ka-wijayakusuma/(di akses hari rabu tanggal 3 Juni 2020 pukul 08.15 WIB).
     Seiring berjalannya waktu dengan pengoperasiannya KA Wijayakusuma selama 2 tahun sampai tahun 2018 kinerja operasional KA Wijayakusuma relasi Cilacap - Yogyakarta - Solo Balapan PP mengalami jeblok karena dalam sehari KA Wijayakusuma 4 kali dalam satu hari dan okupansi penumpangnya kurang dari 50 % perjalanan KA Wijayakusuma dari Yogyakarta - Cilacap jam keberangkatan pukul 09.30 Pagi. Dengan kinerja operasional KA Wijayakusuma yang jauh dari harapan dalam okupansi penumpangnya maka PT KAI melakukan perpanjangan rute KA Wijayakusuma yang semula Cilacap -Yogyakarta - Solo Balapan PP menjadi Cilacap - Surabaya Gubeng - Banyuwangi pada tanggal 1 September 2018 dengan alasan untuk memperluas pelayanan dan mengakomodasi masyarakat Cilacap yang hendak bepergian ke Surabaya, Jember, dan Banyuwangi karena potensi wisata maupun pendidikan di wilayah tersebut cukup tinggi seperti halnya Yogyakarta serta Solo. Selain itu, dengan adanya perpanjangan rute KA Wijayakusuma juga terdapat penambahan kelas yang sebelumnya kelas full ekonomi premium ditambah menjadi kelas eksekutif dan dalam satu rangkaian KA Wijayakusuma membawa 4 gerbong kelas eksekutif, 1 gerbong kereta makan sekaligus pembangkit, kemudian 3 gerbong kelas ekonomi premium difabel. Dalam satu hari KA Wijayakusuma hanya berangkat satu kali baik dari arah Cilacap maupun Banyuwangi, jam keberangkatan sesuai gapeka 2019 dari arah Cilacap pukul 14.50 sore hari sedangkan dari arah Banyuwangi berangkat pukul 11.15 siang. "Perpanjangan KA Wijayakusuma ini merupakan langkah PT KAI dalam memberikan layanan kepada masyarakat yang akan bepergian ke Jateng, DIY maupun Jatim. Karena potensi wisata di tiga provinsi tersebut sangat tinggi," kata Manager Humas PT KAI Daop 6, Eko Budiyanto di Stasiun Purwosari, Solo, Jawa Tengah, dalam wawancara oleh kontributor kompas pada hari Selasa (28/8/2018).
Â
