Rekam medis sangat penting dalam aspek sebagai pembuktian di pengadilan selain dari fungsi dan peranan yang sangat penting dalam bidang kesehatan, termasuk dalam upaya penegakan hukum terutama pembuktian dalam sengketa pelayanan kesehatan. Berkas rekam medis menyediakan data untuk membantu melindungi kepentingan hukum pasien, dokter dan penyedia sarana pelayanan kesehatan, seperti sebuah pepatah “Good medical record is good defense. Bad medical record is bad defense. No medical record is no defense”. Semakin baik rekam medis maka akan memberikan perlindungan hukum yang lebih baik. Rekam medis merupakan alat bukti baik bagi pasien maupun bagi rumah sakit dan dokter di depan sidang pengadilan, karena rekam medis berisikan tentang siapa, kapan, bagaimana, tindakan medik itu berlangsung. Dengan demikian, suatu rekam medis memberikan jaminan kepastian hukum atas dasar keadilan dalam rangka menegakan hukum serta penyediaan bahan bukti untuk menegakan keadilan.
Rekam medis di dalam hukum acara pidana mempunyai kedudukan sebagai alat bukti karena pembuatan rekam medis telah memenuhi ketentuan sebagaimana yang terdapat di dalam Pasal 187 KUHAP. Hal ini juga sesuai dengan Pasal 13 ayat (1) huruf c Peraturan Menteri Kesehatan No. 269/MENKES/PER/III/2008 tentang Rekam Medisyang menyatakan:
“Pemanfaatan Rekam medis dapat dipakai sebagai alat bukti dalam proses penegakan hukum, disiplin kedokteran dan kedokteran gigi dan penegakan etika kedokteran dan kedokteran gigi.”
Rekam medis merupakan hal yang sangat menentukan dalam menganalisa suatu kasus dan sebagai alat bukti utama yang akurat terutama jika menyangkut penyelesaian sengketa dalam pelayanan kesehatan. Rekam medis dapat digunakan sebagai dasar untuk membuktikan ada tidaknya kesalahan/kelalaian dokter/dokter gigi dalam melaksanakan profesi, dan di segi lain rekam medis dapat digunakan sebagai dasar pembelaan/perlindungan hukum bagi dokter/dokter gigi terhadap gugatan/tuntutan yang ditujukan kepadanya.
Sesuai dengan sistem pembuktian yang berlaku di Indonesia, yaitu sistem pembuktian menurut undang -undang secara negatif, rekam medis dalam kedudukannya sebagai alat bukti (baik sebagai alat bukti keterangan ahli maupun sebagai alat bukti surat), tidak mempunyai nilai kekuatan pembuktian yang mengikat. Hakim bebas menilainya dan tidak terikat kepadanya.
Atau dengan kata lain rekam medis mempunyai nilai kekuatan pembuktian yang "bebas". Hakim dapat mempertimbangkan fakta-fakta dan bukti yang ada maupun keterangan saksi ahli, sebagai alasan-alasan yang dapat meniadakan kesalahan dalam bentuk alasan pembenar maupun menjadi alasan pemaaf atas kesalahan yang terjadi berdasarkan teori dan ajaran dalam bentuk jurisprudensi maupun literatur yang dapat dibuktikan kebenaran dan relevansinya dengan kasus terkait.
Oleh karena pentingnya rekam medis tersebut maka terdapat tata cara pemusnahan dari rekam medis. Menurut PERMENKES No. 269/MenKes/Per/III/2008 tentang Rekam Medis, Rekam medis pasien rawat inap di rumah sakit wajib disimpan sekurang-kurangnya untuk jangka waktu 5 (lima) tahun terhitung dari tgl terakhir pasien berobat atau dipulangkan. Setelah batas waktu 5 (lima) tahun dilampaui rekam medis dapat dimusnahkan, kecuali ringkasan pulang dan persetujuan tindakan medic.Ringkasan pulang dan persetujuan tindakan medic harus disimpan untuk jangka waktu 10 (sepuluh) tahun terhitung dari tanggal dibuatnya ringkasan tersebut.
Setelah 5 (lima) tahun dari kunjungan terakhir tersebut berkas dipisahkan di ruang lain/terpisah dari berkas RM in aktif. Berkas rekam medis inaktif dikelompokkan sesuai dengan tahun terakhir kunjungan. Berkas rekam medis yang dinilai adalah berkas rekam medis yang telah 2 tahun in aktif. Berkas rekam medis tertentu disimpan di ruang rekam medis inaktif Lembar rekam medis sisa dan berkas rekam medis rusak, tidak terbaca disiapkan untuk dimusnahkan.
Tim penilai dibentuk dengan SK Direktur beranggotakan Komite Rekam Medis / Komite Medis, petugas rekam medis senior, perawat senior dan tenaga lain yang terkait. Untuk pemusnahan rekam medis ini perlu dibuat berita acara pemusnahan. Dari ketentuan umum tersebut rumah sakit berhak membuat ketetapan mulai tahun berapa retensi akan dilakukan.
