Masa-masa pemerintahan Gus Dur banyak diwarnai dengan konflik elit politik yang berlangsung secara terus menerus dan kekerasan di tingkat massa juga terus berlanjut. Ucapan-ucapan Gus Dur yang sering tidak terkontrol membuat tidak nyaman banyak kalangantermasuk kelompok yang mendukungnya dalam sidang umum MPR. Contoh dari ucapan-ucapan tersebut seperti ucapan dia mengenai konflik Aceh. Ketika Timor Timur baru lepas dari rangkulan republik Indonesia Gus Dur sempat menyampaikan kesimpulan , berdasarkan konsistensi, bahwa kurang adil juga nanti kalau rakyat Aceh dilarang menempuh jalan serupa (seperti Timor Timur). Hal ini tentu banyak mengagetkan banyak orang, karena hal ini seakan-akan Indonesia membuka lebar pintu keluar bagi setiap provinsi yang ingin keluar dari Indonesia, yang dapat berakibat fatal karena dapat menimbulkan perpecahan negara. Ya, walaupun kemudian setelah mengagetkan banyak orang dia menjelaskan bahwa pilihan aceh yang dimaksud dalam arti mau tidaknya diterapkan hukum Islam di wilayah itu bukan pilihan ingin merdeka atau tidak.
Kekacauan-kekacauan terjadi seiring dengan ketidak konsistenan Gus Dur dalam mengelola negara. Dalam masa pemerintahannya Gus Dur juga banyak berkunjung ke negara-negara lain yang disinyalir memboroskan keuangan negara. Posisi Gusdur semakin kritis ketika dia tersandung kasus Bulogate. Dan pada akhirnya Gus Dur di turunkan pada sidang istimewa MPR.
Pemerintahan Megawati yang menggantikan Gus Dur juga banyak dianggap tidak membawa banyak perubahan sesuai dengan tuntutan reformasi. Kasus kenaiakan BBM pada masa pemerintahan Megawati dianggap sebagai sikap pemarintahan megawati yang kurang responsif terhadap aspirasi dan penderitaan rakyat. Performa yang buruk dalam pemerintahan Megawati membuat banyak pendukungnya kecewa. Dan membuat PDIP kalah dalam pemilu 2004. GOLKAR memenangi pemilu tersebut dan Susilo Bambang Yudoyono terpilih sebagai presiden dalam pemilu untuk menggantikan Megawati.
Jika melihat kemampuan sistem politik era pemerintahan SBY, banyak pengamat mengatakan bahwa era pemeriintahan SBY pun tidak mengalami banyak perubahan sesuai tuntutan reformasi, bahkan menjadi semakin buruk. Kebijakan pemerintah untuk menaikkan harga BBM makin meresahkan rakyat. Tingginya kasus-kasus korupsi yang terjadi pada masa pemerintahan SBY , dan kuatnya orientasi pejabat-pejabat pemerintah untuk mengejar kekuasaan dan kekayaan. Ditambah dengan budaya politik yang semakin mencemari nilai demokrasi,semakin membuat pertanyaan besar, dimana sebenarnya reformasi berupa perubahan yang lebih baik itu.
