Kemudian, para pemuda bekas Kaigun Heiho, Karyawan Jawa Unko Kaisha serta para guru dan siswa Sekolah Tinggi Pelayaran membentuk BKR Laut di daerah pelabuhan. BKR Laut Pusat juga didirikan di Jakarta yang dikepalai M. Pardi dengan bantuan R. E. Martadinata.
Di samping BKR Laut Pusat, BKR Laut juga didirikan di Banten, Tegal, Semarang, Pasuruan, Palembang, Tanjung Karang, Sibolga, Belawan, dan Pariaman.
Sementara itu, para pemuda di sekitar pangkalan udara membentuk BKR Udara antara lain di Bugis (Malang), Maospati (Madiun), Kali Banteng (Semarang), Cibereum (Tasikmalaya), Cililitan (Jakarta), dan beberapa tempat di Sumatra.
Lalu, pada September 1945 tokoh-tokoh BKR pusat menghubungi para perwira bekas tentara Belanda (KNIL) di Jakarta seperti Didi Kartasasmita untuk bersama-sama mendesak Presiden Soekarno membentuk tentara reguler.
Dalam prosesnya, para perwira bekas KNIL mengeluarkan pernyataan bersama bahwa mereka sudah tidak terikat lagi dengan sumpah Tentara Kerajaan Belanda dan siap membantu perjuangan mempertahankan kemerdekaan Indonesia.
Di sisi lain, terdapat beberapa kelompok pemuda yang tidak puas dengan pembentukan BKR. Mereka yang kurang setuju dengan pembentukan badan tersebut mulai membentuk badan-badan perjuangan secara mandiri seperti, Angkatan Pemuda Indonesia (API), Barisan Rakyat Indonesia (Bara), Hizbullah, dan lain sebagainya. Fenomena serupa juga terjadi di pulau lain seperti Sumatra dan Sulawesi.
Setelah menghadapi tindakan provokatif dan Agresif dari Belanda, pemerintah RI menyadari bahwa pembentukan BKR saja tidak akan cukup untuk melakukan perlawanan. Maka dari itu, Soekarno mengutus bekas Mayor KNIL Oerip Sumahardjo untuk menyusun tentara nasional.
Akhirnya, pada 5 Oktober 1945 presiden mengeluarkan Maklumat Pembentukan TKR dan menunjuk Soeprijadi yang merupakan tokoh Pemberontakan Peta di Blitar sebagai pimpinan. Sementara itu, Moh. Suljodikusumo (bekas daidanco) dipilih sebagai Menteri Pertahanan.
Dengan dasar maklumat tersebut, pemerintah membentuk Markas Tertinggi TKR di bawah Oerip Sumohardjo di Yogyakarta. TKR sendiri terdiri atas 10 divisi di Pulau Jawa dan 6 divisi di Sumatra.
Namun, karena Pemberontakan Peta di Blitar mengalami kegagalan, Soeprijadi terbunuh di tangan Jepang dalam peristiwa tersebut. Untuk itu, Markas Tertinggi TKR mengadakan pemilihan pemimpin tertinggi TKR yang baru pada November 1945.
Dalam pemilihan tersebut, Kolonel Soedirman yang merupakan Komandan Divisi V Banyumas terpilih sebagai pemimpin. Satu bulan setelahnya, 18 Desember 1945 Soedirman dilantik sebagai Panglima Besar (Pangsar) TKR dengan pangkat jenderal. Di sisi lain, Oerip Sumohardjo dipilih sebagai Kepala Staf Umum TKR dengan pangkat letnan jenderal.
