Pesantren Al Quran Al Amin merupakan salah satu lembaga pendidikan yang didirikan pada 20 Desember 1994 oleh hasil inisiatif Bapak KH. Drs. Ibnu Mukti, M.Pd serta mendapat dukungan dari Ibu. Hj. Siti Aminah. Pada awal mula dalam perintisan sebuah pesantren ialah berawal dari pengajian umum yang secara rutin dilaksanakan pada malam kamis di sebuah langgar atau musholla.
PondokPada tahun 1992 KH. Ibnu Mukti beserta keluarga singgah ke Purwokerto dari Ibukota Jakarta dikarenakan isteri beliau menjadi dosen pada Fakultas Ekonomi di kampus UNSOED. Pada tahun 1993 KH. Ibnu Mukti beserta keluarga tinggal di Kelurahan Pabuwaran. KH. Ibnu Mukti seorang sosok yang cendekiawan dalam berdakwah terutama dalam bidang agama beliau senantiasa aktif dalam berdakwah, mengajar ngaji dan lain sebagainya sehingga beliau dikenal sebagai ustadz dan seorang tokoh ulama.
Ketika dengan perkembangan berdakwah dan bertambahnya para jamaah yang berpartisipasi lalu beliau memiliki inisiatif untuk dapat mendirikan pesantren, usulan tersebut mendapat respon dari salah satu jamaah bernama Hj. Siti Aminah yang memiliki sebidang tanah yang sengaja beliau berikan sebagai tanah wakaf untuk dapat dijadikan sebuah lembaga pondok pesantren. Pada penamaan lembaga pendidikan tersebut, KH. Ibnu Mukti memberikan nama pesantren tersebut bernama Pondok Pesantren AL Quran Al Amin.
Nama Al Amin tersebut merupakan inisial dari Hj. Siti Aminah yang menjadi pemberi wakaf dan sebagai pengenang atas jasa yang diberikan oleh beliau. Â Pondok Pesantren Al Quran Al Amin memiliki berbagai macam program pendidikan antara lain yaitu program tahfidzul quran dan madrasah diniyah. Pondok Pesantren Al Amin memiliki visi dan misi pesantren, visi pesantren yaitu meningkatkan sumber daya santri yang berwawasan luas, akhlakul karimah, mandiri dalam kemajuan pesantren dan memberi kemaslahatan pada umat.
Misi pesantren yaitu mendidik pribadi mandiri, berilmu dan akhlakul karimah, mengembangkan pesantren secara luas dengan ikhlas, mengabdikan segala potensi, dapat memberi manfaat bagi pribadi, keluarga dan masyarakat serta negara. Fasilitas yang tersedia di pesantren meliputi gedung sekolah, gedung pesantren, perpustakaan, masjid, laboratorium (bahasa, komputer), ruang tamu, klinik kesehatan, aula, mck/wc dan fasilitas tersedia lainnya.Â
Kegiatan ekstrakurikuler yang terdapat pada pesantren meliputi program tahfidz quran, kajian kitab kuning, tahlil, imamah, khitobah, muhadlarah, drumband, komputer, pramuka, hadroh, wirausaha dan kegiatan ekstrakurikuler lainnya. Pondok Pesantren Al Quran Al Amin beralamat di Jalan H.R Benyamin Gn. Sindoro, no. 13A, Pabuwaran, Kecamatan Purwokerto Utara, Kabupaten Banyumas, Jawa Tengah.