Cerita bermulai dari seorang siswa cerdas di sekolah asrama yang bernama Jeremie, dalam suatu hari jeremie mengikuti sebuah kelas robotik namun pada saat itu ada bahan yang kurang untuk membuat robotnya. Ia ingat bahwa ada sebuah pabrik terbengkalai yang terletak tidak jauh dari asrama, ia berencana untuk kesana dan mengambil beberapa bahan untuk melanjutkan pembuatan robotnya.
Sesampainya di pabrik Jeremie menemukan apa yang ia cari, namun karena penasaran Jeremie mengalihkan pandangan dan niatannya untuk sekedar mencari material robotnya, ia melihat lift yang sepertinya masih berguna. Dengan terkejut ia ternyata menemukan sebuah komputer super, 3 buah scanner, dan mesin inti. Dengan penasaran ia menyalakan komputer di ruang mesin inti dengan harapan ia tidak akan menyesalinya karena menyalakan komputer tersebut. Saat ia ke ruang komputer super Jeremie terkejut karena ia melihat sosok perempuan dalam layar komputer super.
Jeremie berbicara dengan perempuan tersebut awalnya ia mengira bahwa yang ia lihat adalah sebuah video game, namun perempuan tersebut bilang bahwa itu bukan sebuah video game, perempuan tersebut mengatakan bahwa ia terjebak dalam sebuah dunia maya yang bernama lyoko. Pada akhirnya Jeremie berbicara banyak dengan perempuan tersebut, perempuan tersebut diberi nama Maya oleh Jeremie. Maya menceritakan hal yang ia ingat tentang apa yang terjadi dengan dirinya dan bagaimana dia bisa masuk ke dunia sana. Dan dia dapat menampilkan bagaimana visual di lyoko kepada Jeremie.
Singkat cerita keesokan harinya Jeremie ingin datang lagi ke pabrik, namun ia terkejut karena benda-benda elektronik disekitar kamarnya mendadak bergerak dan menyerang dirinya, karena teriakan itu seseorang bernama Ulrich datang ke kamarnya, ia membantu Jeremie untuk menghancurkan benda-benda elektronik yang menyerang Jeremie. Singkat cerita akhirnya Jeremie mengetahui bahwa itu adalah perbuatan Xana, jadi sebenernya maya telah cerita bahwa di lyoko ia tidak sendiri, ada sebuah multi-agen program komputer yang bernama Xana, ia seperti sebuah virus yang ketika komputer super diaktifkan Xana bisa mengakses antara lyoko dan dunia nyata. Contoh kejadian yang dialami oleh Jeremie tadi adalah Xana merasuki beberapa alat elektronik yang Jeremie punya.
Jeremie dan Ulrich langsung bergegas ke pabrik, ia langsung menemui Maya dan bergegas memanggilnya, namun saat memanggilnya dengan sebutan Maya, Maya memberitahukan bahwa nama ia adalah Aelita, dan Jeremie suka dengan nama tersebut. Lalu Jeremie segera bergegas untuk mengirimkan Ulrich ke Lyoko, jadi ketika Xana menyerang ada sebuah menara yang aktif dan untuk mengalahkan Xana Aelita harus pergi ke menara tersebut untuk dinon-aktifkan. Di lyko tidaklah mudah, mereka berdua harus melawan monster yang dibuat oleh Xana, namun setelah beberapa lama Ulrich dan Aelita berhasil menon-aktifkan menaranya. Saat itu sebenernya sudah selesai, Xana telah kalah, namun Jeremie ingin mencoba sebuah program yang memang ada dalam super komputer tersebut, yaitu kembali ke masa lalu. Jeremie menjalankan program tersebut dan boom! Seketika mereka semua kembali ke masa sebelum xana menyerang namun mereka bertiga ingat akan hal itu pernah terjadi.
Semua belum berakhir, Xana kembali menyerang di berbagai waktu, namun sebelum xana menyerang kembali, Jeremie dan Ulrich memutuskan untuk merekrut orang tambahan agar memudahkan mereka untuk melawan Xana di Lyoko. Mereka merekrut Yumi dan Odd. Setiap Xana menyerang ke dunia nyata, mereka berlima sudah siap untuk mengalahkan Xana. Seiring berjalannya waktu Xana semakin kuat namun Jeremie adalah seseorang yang jenius ia dapat mengembangkan berbagai program seperti jurus dari masing-masing karakter, Alat kendaraan, dan berbagai hal yang bisa memudahkan para petarung di lyoko untuk menon-aktifkan menara.
Dalam series satu code lyoko ini mereka dapat mengalahkan banyak hal sampai akhirnya mereka menemui masalah baru di season dua, tiga, dan empat yang tentunya petualangan mereka masih panjang dari tulisan saya ini.
