JNE berdiri pada tahun 1990 sebagai perusahaan nasional yang berkonsentrasi pada bidang usaha jasa pengiriman dan pendistribusian. JNE juga memperluas bidang usahanya hingga jasa pengiriman makanan khas daerah (PESONA), jasa kepabeanan, penjemputan di bandara, dan pengiriman uang/money remittance. Pada akhir tahun 2012, JNE memisahkan divisi Logistik, menjadi unit usaha tersendiri dan terpisah dari unit kurir ekspres. Mulai tahun 2013, JNE siap berekspansi di bidang logistik, dengan berfokus pada layanan yang mencakup pergudangan, cargo, pengiriman jalur darat, sea freight, dan air freight. Di tahun 2014, JNE mempersiapkan JNE E-Commerce dan melakukan optimalisasi Mobile Applications, serta membangun 250 kantor operasional juga mempeluas jaringan hingga lebih dari 7000 outlet di seluruh Indonesia untuk bersaing dalam Asia Free Trade Area yang berjalan sejak tahun 2015.
