Pesantren menurut kamus bahasa indonesia berarti "asrama tempat santri atau tempat murid-murid belajar mengaji". Asal kata pesantren berasal dari kata "sastri" yaitu istilah yang pada awalnya digunakan bagi orang-orang yang menuntut ilmu agama di lembaga pendidikan tradisional Islam di Jawa dan Madura. Kata "sastri" mendapat awalan "pe" dan akhiran "an", yang berarti tempat santri menuntut ilmu. Dalam pemakaian bahasa modern, santri memiliki arti sempit dan arti luas, dalam pengetian sempit, santri adalah seorang pelajar sekolah agama, sedangkan pengertian yang lebih luas dan umum, santri mengacu pada seorang anggota bagian penduduk jawa yang menganut Islam dengan sungguh-sungguh, rajin sholat, pergi ke masjid pada hari jum'at dan sebagainya.
Sedangkan kata pesantren adalah gabungan dari pondok dan pesantren. Istilah pondok mungkin berasal dari kata funduq, dari bahasa arab yang berarti rumah penginapan atau hotel. Akan tetapi di dalam pesantren Indonesia khususnya di pulau jawa, lebih mirip dengan pemondokan dalam lingkungan padepokan, yaitu perumahan sederhana yang di petak-petak dalam bentuk kamar-kamar yang merupakan asrama bagi santri.
Sebernarnya penggunaan gabungan kedua istilah secara integral yakni pondok dan pesantren menjadi pondok pesantren lebih mengakomodasi karakter keduanya.
Sejarah dan Perkembangan Pondok Pesantren di Indonesia
Pondok pesantren menurut sejarah akar berdirinya di Indonesia, dikekakan dua versi pendapat. Pertama, pendapat yang menyebutkan bahwa pondok pesantren berakar pada tradisi Islam sendiri, yaitu tradisi tarekat, pendapat ini berdasarkan fakta bahwa penyiaran Islam di Idonesia pada awalnya lebih dikenal dalam bentuk kegiatan tarekat. Kedua, pondok pesantren yang kita kenal sekarang ini pada mulanya merupakan pengambil alihan dari sistem pondok pesantren yang diadakan orang-orang hindu di Nusantara. Hal ini didasarkan pada fakta bahwa jauh sebelum datangnya Islam ke Indonesia lembaga pondok pesantren sudah ada di negeri ini. Pendirian pondok pesantren dimasa itu dimaksudkan sebagai tempat mengajarkan ajaran-ajaran agama hindu. Fakta lain yang menunjukkan bahwa podok pesantren bukan berasal dari tradisi Islam adalah tidak ditemukannya lembaga-lembaga pondok pesantren di negara-negara Islam lainnya.
Adapun orang yang pertama kali mendirikannya dapat dilacak meskipun ada sedikit perbedaan pemahaman. Dikalangan ahli sejarah terdapat perselisihan pendapat dalam menyebutkan pendiri pesantren pertama kali. Sebagian mereka menyebutkan Syeikh Maulana Malik Ibrahim, yang di kenal dengan Syeikh Maghribi, dari Gujarat, India, sebagai pendiri pondok pesantren di jawa. Muhammad Said dan Juminar Affan menyebutkan Sunan Ampel/ Raden Rahmad sebagai pendiri pesantren pertama di Kembang Kuning Surabaya.
Mengenai teka-teki siapa pendiri pesantren pertamakali di jawa khususnya, agaknya analisis lembaga research Islam (Pesantren Luhur) cukup cermat dan dapat di pegangi sebagai pedoman. Dikatakan bahwa Maulana Malik Ibrahim sebagai peletak dasar pertama sendi-sendi berdirinya pesantren, sedangkan Imam Rahmad (Raden Rahmad/ Sunan Ampel) sebagai wali pembina pertama di Jawa Timur.
Pada masa awal pembentukannya, pesantren telah tumbuh dan berkembang dengan tetap menyandang ciri-ciri tradisionalnya. Akan tetapi pada masa-masa berikutnya, pesantren sebagai lembaga pendidikan Islam telah mengalami perkembangan bentuk sesuai dengan perubahan zaman, terutama sekali adanya dampak kemajuan ilmu pengetahuan dan teknologi, namun bukan berarti perubahan pesantren tersebut telah menghilangkan keaslian dan kesejatian tradisi pesantren.
Setelah melalui beberapa kurun masa petumbuhan dan perkembangannya, pesantren bertambah banyak jumlahnya dan tersebar di pelosok-pelosok tanah air. Pertumbuhan dan perkembangan pesantren ini didukung oleh beberapa faktor sosial, kultur keagamaan yang kondusif sehingga eksistensi pesantren ini semakin kuat berakar dalam kehidupan dan kebudayaan masyarakat indonesia. Faktor-faktor yang menopang dan menguatkan keberadaan pesantren ini antara lain adalah kebutuhan umat Islam yang semakin mendesak akan sarana pendidikan yang Islami, serta sebagai sarana pembinaan dan pengembangan syiar agama Islam yang semakin banyak dianut oleh mansyarakat indonesia. Selain itu, adanya penghargaan dan perhatian dari para penguasa terhadap kedudukan kiai sangat berperan pula dalam pertumbuhan dan perkembangan pesantren.