Selain model, pondok pesantren juga memiliki beberapa kategori dilihat dari beberapa faktor, terutama dalam hal sistem pengembangan pembelajaran. Zamakhsyari Dhofir, mengelompokkan pesantren menjadi 2 macam, yakni pesantren salafi (tradisional) dan pesantren khalafi (modern). Pengelompokan pondok pesantren jika dilihat dari sistem yang dikembangkan dibagi menjadi 3, yakni :
1. Pesantren yang di dalamnya terdapat santri yang belajar dan tinggal bersama kyai. Kurikulum ditetapkan sendiri oleh kyai yang bersangkutan dan pengajarannya dilakukan secara individu.
2. Pesantren yang di dalamnya terdapat madrasah, juga menerapkan kurikulum tertentu. Santri menetap di asrama untuk mempelajari beberapa cabang ilmu agama dan ilmu umum.
3. Pesantren yang hanya berupa asrama, santri belajar di sekolah, madrasah atau PTN (Perguruan Tinggi Negeri) yang ada di luar pondok. Kyai hanya sebagai pengawas dan pembina mental.Â
