Pengungkapan misteri seputar Supersemar bisa dibilang menemui jalan buntu karena surat asli Supersemar tidak diketahui keberadaannya. Ia hilang secara misterius. Bersama dengan hilangnya surat maha penting itu, mulai muncul beberapa spekulasi. Orang orang mulai bertanya mengenai siapa yang menyimpan surat itu, siapa sebenarnya yang membuatnya, seperti apa isinya, hingga tujuan dibuat dan bagaimana perintah itu kemudian dilaksanakan.
Dalam artikel "Arsip Supersemar 1966" oleh Kompas.com pada 10 Maret 2015, dituliskan: Surat Perintah Sebelas Maret alias Supersemar adalah surat perintah yang ditandatangani oleh Presiden Soekarno pada tanggal 11 Maret 1966. Isinya berupa instruksi dari Presiden Soekarno kepada Letjen Soeharto, sebagai Menteri Panglima Angkatan Darat, untuk mengambil segala tindakan yang diperlukan untuk mengawal jalannya pemerintahan saat itu.
Namun hingga saat ini, setidaknya ada tiga versi naskah Supersemar yang beredar di masyarakat. Hal ini menimbulkan pertanyaan pertanyaan di benak masyarakat seperti "Mengapa ada tiga? Manakah naskah yang asli? Apakah ada bagian yang ditutupi?"
Arsip Nasional Republik Indonesia (ANRI) saat ini masih menyimpan tiga naskah Supersemar. Namun, ketiganya memiliki versi masing-masing.
Supersemar yang diterima dari Sekretariat Negara, dengan ciri ciri:
- jumlah halaman dua lembar
- berkop Burung Garuda
- diketik rapi
- di bawahnya tertera tanda tangan beserta nama "Sukarno".
Supersemar yang diterima dari Pusat Penerangan TNI AD dengan ciri :
- jumlah halaman satu lembar
- berkop Burung Garuda
- ketikan tidak serapi versi pertama
- Penulisan ejaan sudah menggunakan kaidah bahasa Indonesia yang berlaku saat itu.
- Jika pada versi pertama di bawah tanda tangan tertulis nama "Sukarno", pada versi kedua tertulis nama "Soekarno".
Supersemar yang diterima dari Yayasan Akademi Kebangsaan, dengan ciri ciri:
- jumlah halaman satu lembar
- sebagian surat robek sehingga tidak utuh lagi
- kop surat tidak jelas
- hanya berupa salinan
- Tanda tangan Soekarno pada versi ketiga ini juga berbeda dengan versi pertama dan kedua.
"Ada tiga arsip naskah Supersemar, dari Sekretariat Negara, Puspen TNI AD, dan dari seorang kiai di Jawa Timur," ucap Asvi Warman Adam, seorang peneliti sejarah Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia, di dalam diskusi bulanan Penulis Buku Kompas di Bentara Budaya Jakarta, Palmerah Selatan pada Kamis (10/3/2016). Selain yang disimpan ANRI, ada beberapa pihak lain yang mengaku memiliki naskah aslinya (menurut buku Seabad Kontroversi Sejarah, Asvi Warman Adam, halaman 80).
Beberapa sumber menjelaskankan bahwa naskah asli Supersemar disimpan di sebuah bank di luar negeri, sedangkan sumber lain menjelaskan bahwa naskah yang sebenarnya sudah tidak ada karena dibakar dengan tujuan tertentu.Â
Dalam wawancara oleh Majalah Forum edisi 13, pada 14 Oktober 1993, mantan Pangdam Jaya sekaligus mantan Menteri Dalam Negeri, Amirmachmud mengatakan bahwa naskah asli Supersemar telah diserahkan oleh Basoeki Rachmat, M Jusuf, dan dirinya kepada Soeharto yang saat itu menjabat Menteri Panglima Angkatan Darat. Namun kemudian, Soeharto menyerahkan surat itu kepada Soedharmono untuk pembubaran PKI. Setelah itu surat tersebut hilang.