Pada tahun 2014, JNE mengoptimalkan aplikasi mobile untuk meningkatkan layanan yang mencakup pelacakan (tracking) kiriman, kemudahan transaksi digital, penjemputan (pick up) barang gratis, dan pembayaran di tempat (COD, Cash on Delivery). Di tahun 2017, JNE memperluas bisnisnya dengan membangun E-Fulfillment di beberapa cabang. Ini mencakup Warehouse Management System yang terintegrasi, mencakup pergudangan (warehousing), pemenuhan pesanan (order fulfillment), pengembangan teknologi, pengelolaan pengiriman, dan pengantaran, sehingga menjadi solusi lengkap bagi para UKM di seluruh Indonesia.
Menyikapi perkembangan e-commerce, UKM, dan perubahan daya beli masyarakat yang cepat dan dinamis, JNE telah membangun Mega Hub di area Bandara Internasional Soekarno--Hatta pada tahun 2020. Mega Hub ini dibangun di atas tanah seluas 4 hektar dan memiliki kapasitas untuk menangani ratusan ribu paket per hari. Saat ini, JNE telah memperluas jaringan hingga mencakup lebih dari 8000 titik layanan di seluruh Indonesia, dengan tujuan mendorong pertumbuhan UKM dan meningkatkan perekonomian nasional.
