Pungli dan penyimpangan-penyimpangan di Bea Cukai adalah legenda tersendiri dalam dunia gelap selundupan dan kejahatan perijinan. Di masa awal Orde Baru penggelapan-penggelapan yang dilakukan penyelundup (smuggler) mengalami masa kejayaannya, bahkan bisa menyingkirkan Kapolri Jenderal Hoegeng lewat lobi-lobi politiknya. Kerjasama aparat bea cukai dengan pengusaha hitam terjalin dengan baik. Sudah bukan rahasia umum lagi, pekerja-pekerja di Bea Cukai yang "tidak benar" dikenal kaya raya, mobil berganti-ganti dan tanah hektaran.Â
Namun hal ini tidak bisa lagi dilakukan di jaman Jokowi. Mafia pungli baik penyelundupan dan perijinan disikat habis oleh Presiden Jokowi. Â Dalam operasi besar-besaran pemberesan pungli. "Pungli dalam sistem adalah akar kejahatan dari lemahnya sistem dan lemahnya moral" kata Presiden dalam satu kesempatan dengan beberapa staf khususnya di Jakarta beberapa saat setelah melakukan operasi dadakan "penangkapan di Kementerian Perhubungan (Kemenhub) beberapa waktu lalu, yang berhasil menangkap tangan pejabat Kemenhub maen kotor dengan memasukkan dana pungli ke meja-nya. Kemarahan Presiden meledak dan kemudian secara terukur dan sistematis membentuk satgas rahasia pembentukan pungli.Â
Bea Cukai Sebagai Sasaran Operasi Bersih-Bersih Jokowi
Awalnya operasi pemberantasan pungli dimulai dari kecaman Jokowi terhadap Dwell Time di Beberapa Pelabuhan Indonesia (Pelindo 1 dan Pelindo 3), Presiden menyebut Pelabuhan Belawan dan Pelabuhan Tanjung Perak memiliki dwell time tinggi sekali bahkan mendekati angka 10 hari. Namun laporan ini ternyata kurang teliti, karena sasaran dari laporan adalah pihak Pelindo, belum pada Bea Cukai.
Di Belawan sendiri, Pelindo 1 dengan cepat menanggapi respon Presiden, bahkan mengadakan mengajak banyak pihak yang terkait untuk duduk bersama teermasuk Asosiasi-Asosiasi mitra Pelabuhan dan Bea Cukai, tapi nampaknya Bea Cukai di Belawan tidak mau bicara, dan tidak mau datang. Laporan ini kemudian sampai ke Presiden, dan Presiden sudah mulai curiga terhadap lambannya Bea Cukai melakukan respon. Dari sinilah kemudian berkembang bahwa Bea Cukai juga punya peranan paling vital dalam tingginya Dwell Time.Â
"Karena seberapapun efektifnya Pelindo sebagai pelayanan jasa pelabuhan bekerja, bila kemudian masalah "perijinan terhambat di Bea Cukai (Customs) maka sama juga bohong. Hampir saja pada awal pertama, kecaman Presiden Jokowi, Pelindo yang mendapatkan sasaran, namun kemudian setelah dilihat persoalan secara jernih, justru apapun yang dilakukan Pelindo, bila Bea Cukai-nya masih "brengsek" tidak akan berarti apa-apa. Permainan-permainan di jalur merah, kuning dan prioritas sudah menjadi perhatian khusus tim Presiden.Â
Operasi Pungli, arus gerak pelabuhan dititik beratkan pada Bea Cukai ini akan memberi pengaruh positif terhadap kelancaran arus barang. Presiden sudah mendorong Menteri Keuangan  Sri Mulyani untuk menata ulang sistem di Bea Cukai, terutama yang berkaitan dengan biaya-biaya impor dan deregulasi perijinan. Menteri Sri Mulyani dikenal sebagai tokoh yang bisa mereformasi birokrasi pajak dan ketika menjadi Menteri Keuangan di masa Presiden SBY, berhasil mereformasi birokrasi perpajakan menjadi mesin pajak yang efektif dan mengurangi secara signifikan mafia pajak, serta memotong jalur pertemuan antar muka antara petugas pajak dan wajib pajak, dengan memberlakukan sistem online. Dulu para mafia pajak mencuri data para wajib pajak, lalu melakukan pemerasan dengan kongkalingkog gelap, kini celah itu bisa dihabisi dengan sistem pajak online.Â
"Kita sudah kaji, banyak hal yang ditemui di lapangan, kita kaji di Tanjung Priok, banyak sekali pungli," ujar Wakil Ketua KPK Alexander Marwata dalam keterangan pers di kantornya, Selasa (18/10).
Alex menuturkan,  berdasar hasil kajian KPK juga muncul dugaan keterlibatan‎ sejumlah oknum yang membekingi atau melindungi pengusaha pengimpor barang. Oknum itu, kata Alex, berasal dari petugas bea dan cukai dan aparat penegak hukum.
"Ada juga oknum dari bea cukai maupun dari aparat penegak hukum yang melindungi pihak-pihak importir," ujar mantan hakim ad hoc di Pengadilan Tipikor Jakarta itu.