Penyusunan Target PNBP
Target merupakan salah satu dari rencana yang telah diatur dan disusun dalam waktu tertentu dengan analisis tertentu. Target PNBP yang dibuat menjadi buah penghitungan atau penetapan PNBP yang akan diterima dalam 1 (satu) tahun akan datang. Mekanisme penyusunan target dilakukan secara berjenjang berdasarkan pengklasifikasian organisasi mulai tingkat Satker/UPT, Unit Eselon I sampai dengan Kementerian/Lembaga dengan dikoordinsaikan oleh Biro Perencanaan dan Keuangan masing masing Kementerian/Lembaga. Penyusunan ini harus disusun berdasarkan azas realistis dan reliable. Target PNBP disusun dengan menggunakan formula volume x tarif per jenis PNBP sesuai dengan PP Tarif PNBP yang ditetapkan ileh menteri Keuangan. Penyusnan yang dibuat harus berdasar pada Akun PNBP yang mengacu kepada Peraturan Menteri Keuangan tentang Bagan Akun Standar.
Penggunaan PNBP
Penggunaan PNBP harus didasarkan pada persetujuan dari Menteri Keuangan.
Mekanisme permohonan ijin penggunaan PNBP diatur sebagai berikut :
1. Permohonan penggunaan Penerimaan Negara Bukan Pajak diajukan oleh  PimpinanKementerian/Lembaga yang bersangkutan kepada Menteri Keuangan.
2.Permohonan menggunakan format yang antara lain memuat:
a.Latar belakang
b.Tujuan Penggunaan dana PNBP
c.Tugas dan Fungsi
d.Rincian Anggaran Biaya (RAB)
e.Kesesuaian RAB dengan tugas dan fungsi
f.Target dan realisasi PNBP
g.Perkiraan penerimaan 3 tahun mendatang
h.Output dan outcome
Dana Penerimaan Negara Bukan Pajak dapat digunakan untuk menyelenggarakan kegiatan tertentu pada Satuan Kerja bersangkutan dalam rangka pembiayaan :
1.operasional dana pemeliharaan; dan atau
2.investasi, termasuk peningkatan kualitas sumber daya manusia.
Rencana penggunaan Penerimaan Negara Bukan Pajak diteliti dan dibahas oleh Kementerian Keuangan bersama-sama Kementerian Negara/Lembaga dan dilakukan analisis atas kelayakan penggunaan PNBP yang bersangkutan sebelum ditetapkan Menteri Keuangan.