Pondok Pesantren AL-AMIEN merupaka salah satu pesantren yang berada di daerah dusun kebonsari, desa sabrang, kecamatan Ambulu, Kabupaten Jember. Pesantren ini didirikan oleh KH. Marduqi Musthofa pada tahun 1948 M. selain pelajaran mengenai ilmu syariat di pondok ini juga terdapat pengembangan thoriqoh An-Naqsabandiyah Al-Kholidiyah.
Berawal dari masjid yang terletak di dusun kebonsari, desa sabrang, kecamatan Ambulu, kab Jember. Masjid sidodadi sendiri merupakan tempat cikal bakal berdirinya ponpes Al-Amien, disana KH. Masduqi Musthofa mendirikan sebuah pesantren salaf yang pada awalnya beliau hanya melakukan pembelajaran menggunakan metode sorogen (santri membaca sendiri materi pelajaran kitab kuning dihadapan guru). Dan di tempat yang dijuluki pondok kebonsari tersebut juga membina pasukan Thoriqoh Naqsabandiyah kepada para santrinya.
Pada tahun 1968 M, KH. Masduqi Musthofa berpulang ke rahmatullah dikala itu putra-putra beliau masih kecil sehingga estafet perjuangan dilanjutkan oleh adik beliau KH. Amanu Musthofa.
Pada masa KH. Amanu Musthofa pondok kebonsari mengalami perkembangan yang cukup pesat, santri yang berdatangan menimba ilmu semakin banyak dan beragam. Kenyataan tersebut telah mendorong Ponpes AL-AMIEN melakukan perubahan kebijakan yang berkaitan dengan sistem pendidikan. Di masa sekarang yang pertama hanya menggunakan metode sorogan sorogan ditambah dengan metode weton atau bandongan (kyai membaca kitab dan santri memberi makna/arti). Semua pengajaran tersebut tidak dibedakan dalam jenjang kelas. Kenaikan kelas/tingkat pendidikan dinyatakan dengan tanda bergantinya kitab yang khatam (selesai) dikaji dan diikuti santri. Materi pelajarannya khusus berkisar tentang pengetahuan agama islam, ilmu syariat, dan tasawuf.
Pada tahun 1971, KH. Amanu Musthofa melakukan istikhoroh tentang nama apa yang pantas untuk pesantren kebonsari ini, maka atas petunjuk Allah yang terlihat ditangan beliau bertuliskan AL-AMIEN, beliau kemudian menyuruh santri sepuh pondok (salah satunya Bapak Imam Syafi'I kebonsari dan Bapak Nawawi Jatimulyo) untuk segera membuat logo untuk pondok pesantren AL-AMIEN.
Pada tahun 1989, KH.Amanu Musthofa wafat, dan diteruskan oleh KH. Imam Ghozali Masduqi (putra pertama KH. Masduqi). Di masa ini mulai diterapkan penerapan penerapan sistem madrasi dengan didirikannya Madrasah Diniyah Manba'ul Ulum yang mana di MADIN ini sistem pengajarannya disajikan dengan cara berjenjang dalam 2 tingkat, yakni Ibtidaiyah (6 kelas) dan Tsanawiyah (2 kelas).
Seiring berjalannya waktu dan berpegang teguh pada kaidah "Al-Mukhofadatul 'Alal Qodimis Sholih Wal Akhdu Bil Jadidil Ashlah" (memelihara budaya-budaya klasik yang baik dan mengambil budaya-budaya baru yang konstruktif), maka Ponpes AL-Amien dalam perjalanannya senantiasa melakukan upaya-upaya perbaikan dan kontekstualisasi dalam merekontruksi sistem pendidikan dan manajemen.
Pada tahun 1995 M, KH. Abdul Haq Syamsul Arifin, S.SOS,M.Si (putra bungsu KH. Masduqi) mendirikan pendidikan formal yang dimulai dari jenjang Madrasah Tsanawiyah, lalu dilanjutkan ke jenjang Madrasah Aliyah di tahun 2000, SMP plus di tahun 2005, dan SMK pada tahun 2014.
Usaha-usaha pembaharuan dan modernisasi memang sebuah konsekuensi dari sebuah dunia yang modern. Namun Ponpes AL-AMIEN dalam hal ini memiliki batasan-batasan yang kongkrit, yakni pembaharuan dalam modernisasi tidak boleh mengubah atau mereduksi orientasi dan idealisme pesantren salaf. Sehingga dengan demikian Ponpes AL-AMIEN tidak sampai terombang-ambing oleh derasnya arus globalisasi, namun sebagai Ponpes salaf harus dapat menempatkan diri dalam posisi yang strategis dan bahkan dianggap sebagai alternative oleh masyarakat sekitar yang sering menyebutnya sebagai solusi pendidikan masa depan.
