Seminari mertoyudan tempat formasi menanggapi Panggilan
"Bukan kamu yang memilih Aku, tetapi Akulah yang memilih kamu. Dan Aku telah menetapkan kamu, supaya kamu pergi dan menghasilkan buah dan buahmu itu tetap, supaya apa yang kamu minta kepada Bapa dalam nama-Ku, diberikan-Nya kepadamu."
Seminari ini pada awalnya berdiri kerena seorang pemuda yang berkeinginan menjadi seorang imam, yakni Petrus Darmaseputra dan F.X. Satiman. November 1911 mereka menghadap Romo Van Lith SJ dan Romo Mertens SJ dan mohon agar diperkenankan belajar menyiapkan diri menjadi imam. Niatan kedua pemuda ini, yang juga dengan mempertimbangkan kebutuhan imam di Indonesia, ternyata mampu mendorong munculnya gagasan untuk menyelenggarakan pendidikan bagi para calon imam. Proses perijinan dari Roma pun diurus, dan 30 Mei 1912 izin resmi dari Roma keluar untuk memulai lembaga pendidikan calon imam di Indonesia. Kursus pendidikan tersebut diselenggarakan di Kolese Xaverius Muntilan.
Dalam cerita diatas hanya awal dari cerita awal sejarah terbentuknya Seminari Mertoyudan yang menjadi tempat formasi dimana orang yang ingin menjadi imam  datang dan mendaftar di Seminari ini. Dulu Tanggal 3 Desember 1952 gedung Seminari Mertoyudan diberkati Mgr Albertus Soegijapranata SJ. Lima tahun kemudian dibangun gedung tambahan yang dipergunakan untuk seminari, yaitu Medan Utama dan Medan Pratama. Sejak saat itu semakin banyak murid tamatan SD yang diterima di Seminari Mertoyudan. Namun berdasar pertimbangan lain, tamatan SD tidak diterima lagi sejak tahun 1968. Yang diterima hanya tamatan SLTP dan SLTA.
SLTP mendapat pembelajaran selama empat tahun yang dibagi dalam empat tahapan yang pertama yaitu medan pratama, tingkat dua medan tamtama, ke tiga medan madya yang terakhir yaitu medan utama. Sedangkan SLTA mendapatkan pembelajaran selama satu tahun dan langsung ke medan utama lalu langkah senjutnya yaitu memilih diosesan mana yang kalian mau jika lulus dari seminari.
Apasih Misi dan Visi dari Seminari Mertoyudan ?
VISI : Seminari Menengah Santo Petrus Canisius Mertoyudan berkehendak menjadi rumah formatio bagi para calon gembala Gereja yang dengan gigih dan gembira mencintai Yesus Kristus, haus akan pengetahuan, dan berhasrat besar untuk melayani.
MISI : Mengusahakan terciptanya komunitas murid-murid Yesus Kristus sebagai teman seperjalanan dalam menanggapi panggilan Tuhan dengan gembira.
Mendampingi seminaris dalam mengenal, mencintai, dan mengikuti Yesus Kristus, mengejar kedalaman hidup rohani, kemantapan panggilan, dan kesiapsediaan untuk diutus ke tengah Gereja dan masyarakat.
Melaksanakan kegiatan pendidikan dan pembelajaran secara optimal sehingga seminaris dapat mempertanggungjawabkan imannya dan memiliki bekal yang diperlukan untuk melanjutkan formatio ke jenjang pendidikan berikutnya.
Mendampingi seminaris dalam mengembangkan diri menjadi pribadi penuh kasih, sehat jasmani dan rohani, dewasa secara manusiawi maupun kristiani sehingga siap untuk melayani.
