1999 - Kasus pengalihan hak tagih Bank Bali
Pengalihan hak piutang (cassie) PT Bank Bali kepada Bank Dagang Negara Indonesia (BDNI) yang diduga merugikan negara Rp 904,64 miliar. Kasus ini meletup setelah Bank Bali mentransfer Rp 500 miliar lebih kepada PT Era Giat Prima, milik Setya, Djoko S. Tjandra, dan Cahyadi Kumala.
Kasus ini kemudian mendapatkan surat perintah penghentian penyidikan (SP3) dari kejaksaan pada 18 Juni 2003.
2003 - Kasus penyelundupan beras dari Vietnam sebanyak 60 ribu ton.Â
Setya bersama rekannya di Golkar, Idrus Marham, diduga sengaja memindahkan 60 ribu ton beras yang diimpor Inkud, dan menyebabkan kerugian negara Rp 122,5 miliar. Keduanya dilaporkan pada Februari-Desember 2003 telah memindahkan dari gudang pabean ke gudang nonpabean. Padahal bea masuk dan pajak beras itu belum dibayar.
Setya Novanto hanya diperiksa Kejaksaan Agung pada 27 Juli 2006.
2006 - Kasus penyelundupan limbah beracun (B-3) di Pulau Galang, Batam.Â
Setya Novanto disebut-sebut berperan sebagai negosiator dengan eksportir limbah di Singapura.
2012 - Kasus Korupsi Proyek PON Riau 2012
Setya diduga mempunyai peran penting dalam mengatur aliran dana ke anggota Komisi Olahraga DPR untuk memuluskan pencairan anggaran Pekan Olahraga Nasional di anggaran pendapatan dan belanja negara.Â
Ia pernah diperiksa Komisi Pemberantasan Korupsi  pada 29 Juni 2012 sebagai saksi, karena pernah ditemui Gubernur Riau Rusli Zainal untuk membahas PON Riau. Setya juga diperiksa untuk tersangka Rusli Zainal pada 19 Agustus 2013. Rusli merupakan Gubernur Riau yang sudah ditetapkan sebagai tersangka, dalam kasus perubahan peraturan daerah untuk penganggaran PON.
