Dalam sejarah juga menceritakan, Al-Azhar mengalami kemunduran pada masa kekhalifahan Turki Utsmani, di saat itu ilmu eksakta tak lagi diajarkan, kecuali yang masih relevan dengan perhitungan dalam ilmu mawaris, awal bulan, dan penentuan waktu sholat.Â
Hingga datangnya Jamaluddin al-Afghani di Mesir, yang mana beliau pernah menempuh pendidikan di Universitas Kabul, Afghanistan. Di sana beliau mempelajari filsafat dan ilmu eksakta yang menggunakan metode pembelajaran abad Pertengahan. Kemudian, beliau melanjutkan pendidikannya di India, selama di India beliau mendapat kesempatan mempelajari ilmu-ilmu yang lebih modern, seperti sains dan matematika Eropa modern.
Ketika di Mesir, beliau menjadi tenaga pendidik di al-Azhar. Sesuai dengan apa yang pernah didapatkannya selama menempuh pendidikan, Jamaluddin mengajak umat islam untuk mempelajari kembali ilmu eksakta yang sudah lama tidak dipelajari saat masa kemunduran itu terjadi.Â
Selain melakukan tajdid (modernisasi) di al-Azhar, secara eksternal Jamaluddin al-Afghani juga berperan besar melakukan pergerakan pendidikan ditandai dengan didirikannya madrasah Dar Al-Ulum di tahun 1871 M. Di madrasah diajarkan ilmu agama sebagai pondasi keimanan, adapun pembelajaran bahasa Perancis, kimia, matematika, dan ilmu pengetahuan umum lainnya.
Diketahui murid-murid madrasah sendiri merupakan santri pilihan dari al-Azhar. Sayangnya, usaha tajdid di al-Azhar melalui Dar Al-Ulum secara total berakhir, karena pada tahun 1945 M, Dar Al-Ulum digabungkan dengan Universitas Kairo.
Materi ilmu-ilmu pengetahuan umum di al-Azhar baru berhasil pada tahun 1895 M. Di tahun 1930 M, masjid Al-Azhar berganti status menjadi Universitas, serta dikeluarkan undang-undang dibentuknya 3 Fakultas di Al-Azhar, yaitu Fakultas Ushuluddin, Fakultas Syari'ah, dan Fakultas Bahasa Arab.Â
Sampai pada tahun 1961 M, Syeikh Mahmud Syaltut seorang sarjana Sunni, menjabat Syekh al-Azhar (bisa disebut rektor) mencetuskan undang-undang yang menetapkan berdirinya fakultas-fakultas cabang ilmu pengetahuan umum, seperti Fakultas kedokteran, teknik, perdagangan, pertanian, psikologi, dan sebagainya. Yang lebih menjadikan Universitas al-Azhar semakin maju dan tersohor dengan berpaham Sunni.
